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hkxya7

金虫 (小有名气)

[求助] 有关DGGE测序的一些疑问

各位虫友好,我在DGGE割胶回收测序上遇到一个问题,就是我拿到测序结果以后,将测序结果与NCBI数据库对比,发现其中与很多菌种的匹配度达到100%。DGGE扩增的区域是V3区域,这一区域的片段的大小是200bp左右,我想这么小的片段是不是很难反映出它的遗传信息,所以我想问一下有做过DGGE割胶回收的虫友们怎么看待这个问题,是不是我中间有什么地方理解错误了。
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wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
没有问题,200bp包含的遗产信息确实有限,而且现在提交GENBANK,200bp的也不让提交了。你可以用V3-V5区做DGGE,然后切胶回收测序,片段大笑在500-600bp之间。另外,即便是这样,你比对出的大部分结果也是不可培养细菌。
2楼2013-07-02 08:55:10
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