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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 带电体系动力学模拟
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yida

木虫 (小有名气)

[求助] 带电体系动力学模拟 已有1人参与

MS中如何设置一个基团所带的电荷，比如一个分子中的硫酸根离子
跑动力学的话是不是不包含电离的过程？意思就是我建一个氢氧化钠在水中的盒子的话，跑动力学是不是不会产生钠离子和氢氧根离子？
考察吸附能、扩散系数的话，比如氢氧化钠在水体系中对一个表面的吸附过程，氢氧化钠完全溶于水，应该采用电离后的分子模型：氢氧根离子和钠离子，还是采用氢氧化钠分子合适？
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1楼 2013-07-01 16:08:55
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-07-02 08:32:08
你说的对，分子动力学不模拟电离的过程，直接是离子。
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2楼2013-07-01 22:46:30
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-07-01 22:46:30
你说的对，分子动力学不模拟电离的过程，直接是离子。

那么想问下怎么设置一个离子或者一个带电原子的电荷呢？
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3楼2013-07-02 08:32:42
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klaus1987

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★有帮助, 谢谢参与 2013-07-04 15:57:10
设定某个原子的电荷很好办，你在结构图里选定一个原子，然后左下角的properties栏里面的第一行就显示了电荷，点击这里就能设置。
一个离子、基团(包含多个原子)，我也不知道在ms里怎么设。
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4楼2013-07-04 10:28:34
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★ ★
yida: 金币+2, ★有帮助 2014-03-09 16:26:35
本帖内容被屏蔽
5楼2014-03-09 12:17:03
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-09 12:17:03
我前几天做过这个的，我是通过Edit charge进行设置电荷的，不知道是不是准确的

我也试过，一跑动力学电荷就变成零了
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6楼2014-03-09 16:26:57
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-10 07:58:07
yida: 金币+2, ★有帮助 2014-03-10 08:25:55
本帖内容被屏蔽
7楼2014-03-09 23:52:39
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by huachao90 at 2014-03-09 23:52:39
我建议你选择下chargemethod看看的比如use qeq啥的，有点记不清楚了
...

谢谢
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8楼2014-03-10 08:25:45
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