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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 扩散系数的计算及体系平衡的判断
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yida

木虫 (小有名气)

[求助] 扩散系数的计算及体系平衡的判断

我想模拟糖分子在水体系中与金表面的相互作用，采用Discover跑的动力学，扩散系数是许多分子的统计平均值的话，我所构建的模型中只含一个糖分子，想问下这个的模型计算扩散系数合适吗?如何判断体系有没有达到平衡态？我看到许多判断标准，有看动力学时间的，有看MSD对t曲线的，还有看lnMSD对lnt作图看是否成线性的，还有看RMSD是否平行于x轴呈一条直线，想问下如何得到RMSD随时间变化的曲线？我用的是MS 6.0，用的是Forcite模块分析，还有就是如果看是否呈线性的话r值是多少？比如我运行了5ns的动力学，3-4.5ns的呈线性这样是否达到平衡？问题比较多，希望高手指导
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1楼 2013-07-01 15:48:04
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-02 08:18:13
yida: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢 2013-07-02 08:34:21
计算弛豫时间，至少2倍弛豫时间，体系一般是平衡态了。同时算算能量、温度等，是不是也不随时间变化。
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2楼2013-07-01 22:53:32
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-07-01 22:53:32
计算弛豫时间，至少2倍弛豫时间，体系一般是平衡态了。同时算算能量、温度等，是不是也不随时间变化。

请教下弛豫时间如何计算？
我一般建好模型后会把模型的结构优化，然后跑500ps NVT系综的动力学，最后跑NVE系综分析热力学性质，但是NVE系综的问题就是能量虽然是守恒的，动力学过程中温度一直在上升，比如我跑NVE系综设置的初始温度是298K,跑过NVE后的温度可能就上升到了500K左右，这时的性质是不是就不能代表298K时的性质了？看到有的帖子上提到可以采用NVT来对温度进行校正，想问下具体怎么操作？
问题比较多，请高手指导！
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3楼2013-07-02 08:39:33
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
yida: 金币+2, ★有帮助 2013-07-02 09:19:00
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-02 18:38:05
你最开始跑的500ps，为什么是500ps？这个时间应该选取至少2倍弛豫时间，不是随便设个500ps，有时候，跑500ps未必体系平衡。很少有模拟选NVE系综，你为什么选NVE系综？NVT、NPT无法满足你的体系？
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4楼2013-07-02 08:56:09
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-07-02 08:56:09
你最开始跑的500ps，为什么是500ps？这个时间应该选取至少2倍弛豫时间，不是随便设个500ps，有时候，跑500ps未必体系平衡。很少有模拟选NVE系综，你为什么选NVE系综？NVT、NPT无法满足你的体系？

所需要弛豫时间怎么计算？我看MS教程上举的例子是先用NVT系综平衡，后用NVE系综跑动力学，解释是分析热力学性质最好采用NVE系综，我的体系是下边一层金，上边是水的体系中有糖单元，最上边有一层真空层，采用NPT的话盒子会越来越小，真空层直接消失，水分子也会到金中去，感觉很不合理，我很不理解，就咨询了个师兄，师兄说在密度合理的情况下尽量少用NPT系综，我看了关于模拟的书，包括小木虫上的讨论，对这几个系综还不是很了解，请高手解惑
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5楼2013-07-02 09:18:21
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