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扩散系数的计算及体系平衡的判断
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| 我想模拟糖分子在水体系中与金表面的相互作用，采用Discover跑的动力学，扩散系数是许多分子的统计平均值的话，我所构建的模型中只含一个糖分子，想问下这个的模型计算扩散系数合适吗?如何判断体系有没有达到平衡态？我看到许多判断标准，有看动力学时间的，有看MSD对t曲线的，还有看lnMSD对lnt作图看是否成线性的，还有看RMSD是否平行于x轴呈一条直线，想问下如何得到RMSD随时间变化的曲线？我用的是MS 6.0，用的是Forcite模块分析，还有就是如果看是否呈线性的话r值是多少？比如我运行了5ns的动力学，3-4.5ns的呈线性这样是否达到平衡？问题比较多，希望高手指导 |
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 晶体模型计算分析 | 扩散系数 |
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