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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 自己设计RNA建库用index primer（illumina）PCR扩增效率低
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gwzjiayou

金虫 (小有名气)

[求助] 自己设计RNA建库用index primer（illumina）PCR扩增效率低

针对RNA-seq，illumina官方公布的是24种index序列，实验室用的是NEB的RNA建库试剂盒，里面也只有24种index，现在这些index不够用，所以实验室自己合成了两个index primer（序列是根据small RNA建库试剂盒的index设计的）。
      用同样的样本建库，在最后PCR扩增时比较试剂盒index和自合成index primer的扩增效率，发现自合成index primer的扩增效率总是很低，实验方法都一样，只是6个碱基的差别（index序列），为什么自合成index primer扩增总是低呢？

[ Last edited by gwzjiayou on 2013-6-14 at 15:18 ]
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1楼 2013-06-14 15:17:18
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-15 21:30:11
gwzjiayou: 金币+3, ★有帮助, 额，可是我们没打算用truseq的试剂盒，还是谢谢啦 2013-06-20 15:33:31
illumina的TruSeq Stranded mRNA HT和 TruSeq Stranded total RNA HT 都是有96种index的，应该足够你这次试验用的，不需要纠结自己合成了
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2楼2013-06-15 08:40:35
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