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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl中怎样还原原复合物配体药效构象
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vivian_qi

金虫 (正式写手)

菜鸟

[求助] sybyl中怎样还原原复合物配体药效构象

如题，怎么样还原原复合物配体药效构象并与对接构象进行比较，来判断模型的还原能力，多谢啊！不太懂麻烦讲明白点
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。。。
1楼2013-05-31 13:18:54
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vivian_qi: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢，能不能把步骤说详细些呢，菜鸟一个不知道具体怎么做 2013-06-01 11:00:06
对接后构象与实际构象，用RMSD来判断，值越小越好。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2013-06-01 07:37:47
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vivian_qi

金虫 (正式写手)

菜鸟
怎么没人来啊？真的很想有个专业人士来帮帮忙
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。。。
2楼2013-05-31 19:48:01
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vivian_qi

金虫 (正式写手)

菜鸟
引用回帖:
3楼: Originally posted by tjegg at 2013-06-01 07:37:47
对接后构象与实际构象，用RMSD来判断，值越小越好。

谢谢，能不能把步骤说详细些呢，菜鸟一个不知道具体怎么做
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。。。
4楼2013-06-01 14:35:27
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win雨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vivian_qi: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-21 20:44:38
surflex模块进行对接，然后把原分子构象设为reference molecule，对接完成后会自动计算两者的RMSD值，越小越好。如果只是比较同个分子构象的差异，可以直接在application>alignment compounds下比较
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-06-03 11:49:12
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