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vivian_qi

金虫 (正式写手)

菜鸟

[求助] sybyl中怎样还原原复合物配体药效构象

如题,怎么样还原原复合物配体药效构象并与对接构象进行比较,来判断模型的还原能力,多谢啊!不太懂麻烦讲明白点
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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vivian_qi: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢,能不能把步骤说详细些呢,菜鸟一个不知道具体怎么做 2013-06-01 11:00:06
对接后构象与实际构象,用RMSD来判断,值越小越好。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
3楼2013-06-01 07:37:47
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vivian_qi

金虫 (正式写手)

菜鸟

怎么没人来啊?真的很想有个专业人士来帮帮忙
。。。
2楼2013-05-31 19:48:01
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vivian_qi

金虫 (正式写手)

菜鸟

引用回帖:
3楼: Originally posted by tjegg at 2013-06-01 07:37:47
对接后构象与实际构象,用RMSD来判断,值越小越好。

谢谢,能不能把步骤说详细些呢,菜鸟一个不知道具体怎么做
。。。
4楼2013-06-01 14:35:27
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win雨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
vivian_qi: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-21 20:44:38
surflex模块进行对接,然后把原分子构象设为reference molecule,对接完成后会自动计算两者的RMSD值,越小越好。如果只是比较同个分子构象的差异,可以直接在application>alignment compounds下比较
5楼2013-06-03 11:49:12
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