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我按照gromacs教程做1QLZ的模拟，第3步能量最小化是出现提示：stepsize too small,or no change in energy. converged to machine precision,but not to the requested precesion Fmax <1 我没有改动继续模拟，到了grompp -v -f minim.mdp -c 1QLZ-solvated.pdb -p 1QLZ.top -o 1QLZ-EM-solvated.tpr这一步，出现错误 ERROR  ne of the box lengths is smaller than twice the cut-off length.increase the box size or decrease rlistProgram grompp,VERSION 4.0.7 Souce code file:grompp.c, line：909 Fatal error: There were 1 error<s>processing your input 对于这个错误我不会改，因为说盒子长度是editconf自动形成的，我没有定义多大，其次参数文件中没有rlist，我也觉得参数文件参数好像挺少的 参数文件为： title = Energy Minimization ; Title of run ; Define can be used to control processes define = -DFLEXIBLE ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1.0 kJ/mol nsteps = 500 ; Maximum number of (minimization) steps to perform nstenergy = 1 ; Write energies to disk every nstenergy steps energygrps = System ; Which energy group(s) to write to disk ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions ns_type = simple ; Method to determine neighbor list (simple, grid) coulombtype = cut-off ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off constraints = none ; Bond types to replace by constraints pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 我前面几步的命令为 pdb2gmx -f 1QLZ.pdb -o 1QLZ.gro -p 1QLZ.top -ignh grompp -f minim.mdp -c 1QLZ.gro -p 1QLZ.top -o 1QLZ-EM-vacuum.tpr mdrun -v -deffnm 1QLZ-EM-vacuum -c 1QLZ-EM-vacuum.pdb -pd editconf -f 1QLZ-EM-vacuum.pdb -o 1QLZ-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1.0 genbox -cp 1QLZ-PBC.gro -cs spc216.gro -p 1QLZ.top -o 1QLZ-water.pdb grompp -v -f minim.mdp -c 1QLZ-water.pdb -p 1QLZ.top -o 1QLZ-water.tpr genion -s 1QLZ-water.tpr -o 1QLZ-solvated.pdb -conc 0.15 -neutral -pname NA+ -nname CL- grompp -v -f minim.mdp -c 1QLZ-solvated.pdb -p 1QLZ.top -o 1QLZ-EM-solvated.tpr 这个问题该怎么解决呀，请大家帮帮忙，我刚学，好多不懂，谢谢了 对了还有第四步后new box vectors:7.098 7.098 7.098<nm> |
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【答案】应助回帖
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ben_ladeng: 金币+2, 谢谢斑竹解答 2013-05-31 21:11:49
huyingdamon: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-01 10:43:57
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1、：stepsize too small,or no change in energy. 一般都是你的模型构建的不合理， 2、盒子长度是editconf自动形成的 盒子的长度是可以自己修改的，后续模拟中有NPT 系综模拟，会调节盒子的大小，因此在前面的模拟中，可以适当的把盒子大小调节的略大一些。 3、rlist 你应该先看看手册，看明白这个参数是什么意义？ 或者搜索一下小木虫和gromacs的邮件列表，有一大堆的解释。 |
2楼2013-05-31 08:36:57
