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longwen36

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 【求助】求思路:分子模拟壳聚糖吸附铅离子 已有1人参与

最近在做壳聚糖吸附铅离子。想通过分子模拟出铅离子是怎么与壳聚糖配位的。研究说与氨基配位或者与羟基配位,有争议。想通过分子模拟出最可能的配位方式,模拟出配位数。可是久久没有思路。

各位大神有什么好的思路吗?另外想通过实验方法测定配位数,有什么可行的办法吗?新手,憋了很久。求指点
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

1、版里好像有键长手册书,查下。
4、重要的是配合物,不是单体,所以无所谓。
你的体系用unrestricted没问题,我说的自旋多重度就是这里的spin,你的体系用1即可。
愿好运与快乐伴随你!
9楼2013-07-30 08:26:53
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

把你打算使用的糖模型弄个图看看,这个应该不难。

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愿好运与快乐伴随你!
2楼2013-05-24 07:44:14
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longwen36

铁杆木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by quantumor at 2013-05-24 07:44:14
把你打算使用的糖模型弄个图看看,这个应该不难。

您好,

下面是糖分子的结构
【求助】求思路:分子模拟壳聚糖吸附铅离子

下面是Pb与六个糖分子螯合的构想图(这只是其一,可能还有其他)
【求助】求思路:分子模拟壳聚糖吸附铅离子-1



问题:

1、通过模拟出最佳构型,然后想算出理论的红外光谱图,再与实验对比,想知道Pb等离子与糖的螯合方式。
但是问题是,理论优化的糖分子(图1)(这个昨天刚算过)用B3LYP/LanL2DZ计算出来的理论红外光谱与实验差的比较大?怎么办?修正还是?

2、构想出不同的螯合方式,然后计算红外光谱,再与实验相对比,这样可不可行?对比红外可靠吗?能说明问题吗?

3、实验室服务器配置
core i7 3770 + 16GB内存不知道算150多个原子能不能算的动啊?

不知道您有什么见解,请指教!

谢谢!
3楼2013-07-28 23:46:28
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

Pb是主族元素,d轨道充满了电子,所以应存在4配位、6配位两种可能(需仔细查一下文献资料核实);配位原子可能全是N、或全是O、或两者兼有,还可能就是同一分子中相邻的两个O或N、O去配位;总之,配合物的结构有非常多的可能性需要去做优化试探。

你给的配合物不是螯合物,因为配体全是单齿的,只有一个配体上有2个或2个以上的原子与中心离子配位时才是螯合物。还有,你的结构优化过了吗?看上去怎么那么拥挤?

最好草拟出多种可能的结构分别进行结构优化,然后计算光谱去对比,基本思路就是如此,只是工作非常繁重,要有耐心。除Pb外,其它原子的计算基组可试探换为6-31++G**。你现在的机器计算没问题,只是比较耗时。好运!

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愿好运与快乐伴随你!
4楼2013-07-29 08:20:55
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