| 查看: 2717 | 回复: 14 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
longwen36铁杆木虫 (正式写手)
|
[求助]
【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子 已有1人参与
|
||
|
最近在做壳聚糖吸附铅离子。想通过分子模拟出铅离子是怎么与壳聚糖配位的。研究说与氨基配位或者与羟基配位，有争议。想通过分子模拟出最可能的配位方式，模拟出配位数。可是久久没有思路。 各位大神有什么好的思路吗？另外想通过实验方法测定配位数，有什么可行的办法吗？新手，憋了很久。求指点  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 计算 |
» 猜你喜欢
韩国釜山大学储能电池与功能材料实验室诚招博后（电池/电化学/器件制备/MOF合成）
已经有187人回复
-
祈福！
已经有79人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有214人回复
-
2027春季申博自荐
已经有6人回复
-
散金求好运
已经有315人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有0人回复
-
Postdoc position, materials simulations/machine learning, U. of South Carolina
已经有0人回复
-
祈福青基
已经有34人回复
-
青基的材料青椒们，可以把硕士联培生送我这里，要研二男生
已经有63人回复
-
牛来！米来！面来！
已经有8人回复
-
2027申博咨询
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助：壳聚糖改性
已经有9人回复
- 求高手：要检测铜离子的的吸附量-醋酸铅滴定EDT
已经有4人回复
- 在石墨烯表面吸附水分子MS该如何建模
已经有7人回复
- GCMC模拟气体吸附时各种吸附量该怎么求？
已经有5人回复
- 求助：壳聚糖改性吸附重金属离子投哪些外文期刊比较好中，谢谢啦！
已经有5人回复
- 原吸法测定铅离子的预处理问题 滤纸会吸附铅
已经有14人回复
- gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
已经有9人回复
- dmol3吸附优化不收敛
已经有3人回复
- 巨正则系综蒙特卡洛方法是怎样计算吸附过程的
已经有14人回复
- 【求助】关于壳聚糖的分子量
已经有15人回复
- 【求助】壳聚糖问题
已经有6人回复
- 【求助】壳聚糖溶解度
已经有8人回复
- 【求助】高分子——壳聚糖衍生物分子量如何测定？
已经有5人回复
- 【求助】MC方法计算吸附量
已经有14人回复
longwen36
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 6165.9
- 红花: 16
- 帖子: 344
- 在线: 208.4小时
- 虫号: 766090
- 注册: 2009-05-08
- 性别: GG
- 专业: 功能陶瓷
送红花一朵 |
您好，多谢您的指点。 1、我们实验做出来的红外也好，XPS也好，感觉O原子没有明显影响，倒是N原子的谱有明显的偏移，所以我们考虑是不是只有N原子参与配位。您觉得O原子还有必要加进去做配位吗？ 另外文献上说可能是二配位和四配位或者其他，我现在弄的是六配位，因为仿照有文献的做法，先构造六配位的结构，然后再做优化，最后看看是不是有原子脱离（距离太大），然后配位数变成了多少，您觉得可行吗？还有就是键多长算是有成配位键呢？初始配位键长设定有什么要求吗？ 2、壳聚糖本是高分子，其结构与其交联程度有关，非常复杂。现在取出一个单体（应该算不上是单体，只是重复单元）进行研究，是否可行，光谱数据会有多大差异吗？ 3、理论计算的光谱是基态的，会与实验差异多大呢？如果有差别，多大是合理的呢？有没有什么更好的理论，算出来的光谱会接近些？ 4、您的意思是Pb离子用LanL2DZ，然后其他的糖分子中的原子（N、O、H）用6-31++G**，还是在络合别的金属离子时比如Cd2+，Hg2+等换成6-31++G**？我在优化壳聚糖单体时用的B3LYP/LanL2DZ算出来的光谱感觉差的还比较大，但是文献有说通过校正，不知道是选的基组有问题，还是要校正？ 5、另外还有一些问题在这个帖子里，还恳请您看看http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6176637 小弟主做实验，刚接触这方面的东西，还请多多指教，多谢！ |
5楼2013-07-29 14:52:37
quantumor
金虫 (著名写手)
快乐兔子
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 8506.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 1898
- 在线: 215.9小时
- 虫号: 630331
- 注册: 2008-10-19
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
2楼2013-05-24 07:44:14
longwen36
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 6165.9
- 红花: 16
- 帖子: 344
- 在线: 208.4小时
- 虫号: 766090
- 注册: 2009-05-08
- 性别: GG
- 专业: 功能陶瓷
送红花一朵 |
您好， 下面是糖分子的结构  下面是Pb与六个糖分子螯合的构想图（这只是其一，可能还有其他）  问题： 1、通过模拟出最佳构型，然后想算出理论的红外光谱图，再与实验对比，想知道Pb等离子与糖的螯合方式。 但是问题是，理论优化的糖分子（图1）（这个昨天刚算过）用B3LYP/LanL2DZ计算出来的理论红外光谱与实验差的比较大？怎么办？修正还是？ 2、构想出不同的螯合方式，然后计算红外光谱，再与实验相对比，这样可不可行？对比红外可靠吗？能说明问题吗？ 3、实验室服务器配置 core i7 3770 + 16GB内存不知道算150多个原子能不能算的动啊？ 不知道您有什么见解，请指教！ 谢谢！ |
3楼2013-07-28 23:46:28
quantumor
金虫 (著名写手)
快乐兔子
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 8506.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 1898
- 在线: 215.9小时
- 虫号: 630331
- 注册: 2008-10-19
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
|
Pb是主族元素，d轨道充满了电子，所以应存在4配位、6配位两种可能（需仔细查一下文献资料核实）；配位原子可能全是N、或全是O、或两者兼有，还可能就是同一分子中相邻的两个O或N、O去配位；总之，配合物的结构有非常多的可能性需要去做优化试探。 你给的配合物不是螯合物，因为配体全是单齿的，只有一个配体上有2个或2个以上的原子与中心离子配位时才是螯合物。还有，你的结构优化过了吗？看上去怎么那么拥挤？ 最好草拟出多种可能的结构分别进行结构优化，然后计算光谱去对比，基本思路就是如此，只是工作非常繁重，要有耐心。除Pb外，其它原子的计算基组可试探换为6-31++G**。你现在的机器计算没问题，只是比较耗时。好运！ |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
4楼2013-07-29 08:20:55
投票:
