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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子
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longwen36

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子 已有1人参与

最近在做壳聚糖吸附铅离子。想通过分子模拟出铅离子是怎么与壳聚糖配位的。研究说与氨基配位或者与羟基配位，有争议。想通过分子模拟出最可能的配位方式，模拟出配位数。可是久久没有思路。

各位大神有什么好的思路吗？另外想通过实验方法测定配位数，有什么可行的办法吗？新手，憋了很久。求指点
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1楼 2013-05-23 20:51:07
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
Pb是主族元素，d轨道充满了电子，所以应存在4配位、6配位两种可能（需仔细查一下文献资料核实）；配位原子可能全是N、或全是O、或两者兼有，还可能就是同一分子中相邻的两个O或N、O去配位；总之，配合物的结构有非常多的可能性需要去做优化试探。

你给的配合物不是螯合物，因为配体全是单齿的，只有一个配体上有2个或2个以上的原子与中心离子配位时才是螯合物。还有，你的结构优化过了吗？看上去怎么那么拥挤？

最好草拟出多种可能的结构分别进行结构优化，然后计算光谱去对比，基本思路就是如此，只是工作非常繁重，要有耐心。除Pb外，其它原子的计算基组可试探换为6-31++G**。你现在的机器计算没问题，只是比较耗时。好运！
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longwen36
愿好运与快乐伴随你！
4楼2013-07-29 08:20:55
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
把你打算使用的糖模型弄个图看看，这个应该不难。
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longwen36
愿好运与快乐伴随你！
2楼2013-05-24 07:44:14
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longwen36

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by quantumor at 2013-05-24 07:44:14
把你打算使用的糖模型弄个图看看，这个应该不难。

您好，

下面是糖分子的结构
【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子

下面是Pb与六个糖分子螯合的构想图（这只是其一，可能还有其他）
【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子-1



问题：

1、通过模拟出最佳构型，然后想算出理论的红外光谱图，再与实验对比，想知道Pb等离子与糖的螯合方式。
但是问题是，理论优化的糖分子（图1）（这个昨天刚算过）用B3LYP/LanL2DZ计算出来的理论红外光谱与实验差的比较大？怎么办？修正还是？

2、构想出不同的螯合方式，然后计算红外光谱，再与实验相对比，这样可不可行？对比红外可靠吗？能说明问题吗？

3、实验室服务器配置
core i7 3770 + 16GB内存不知道算150多个原子能不能算的动啊？

不知道您有什么见解，请指教！

谢谢！
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3楼2013-07-28 23:46:28
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longwen36

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by quantumor at 2013-07-29 08:20:55
Pb是主族元素，d轨道充满了电子，所以应存在4配位、6配位两种可能（需仔细查一下文献资料核实）；配位原子可能全是N、或全是O、或两者兼有，还可能就是同一分子中相邻的两个O或N、O去配位；总之，配合物的结构有非常 ...

您好，多谢您的指点。

1、我们实验做出来的红外也好，XPS也好，感觉O原子没有明显影响，倒是N原子的谱有明显的偏移，所以我们考虑是不是只有N原子参与配位。您觉得O原子还有必要加进去做配位吗？

另外文献上说可能是二配位和四配位或者其他，我现在弄的是六配位，因为仿照有文献的做法，先构造六配位的结构，然后再做优化，最后看看是不是有原子脱离（距离太大），然后配位数变成了多少，您觉得可行吗？还有就是键多长算是有成配位键呢？初始配位键长设定有什么要求吗？

2、壳聚糖本是高分子，其结构与其交联程度有关，非常复杂。现在取出一个单体（应该算不上是单体，只是重复单元）进行研究，是否可行，光谱数据会有多大差异吗？

3、理论计算的光谱是基态的，会与实验差异多大呢？如果有差别，多大是合理的呢？有没有什么更好的理论，算出来的光谱会接近些？

4、您的意思是Pb离子用LanL2DZ，然后其他的糖分子中的原子（N、O、H）用6-31++G**，还是在络合别的金属离子时比如Cd2+，Hg2+等换成6-31++G**？我在优化壳聚糖单体时用的B3LYP/LanL2DZ算出来的光谱感觉差的还比较大，但是文献有说通过校正，不知道是选的基组有问题，还是要校正？

5、另外还有一些问题在这个帖子里，还恳请您看看http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6176637

小弟主做实验，刚接触这方面的东西，还请多多指教，多谢！
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5楼2013-07-29 14:52:37
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