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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子
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longwen36

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子 已有1人参与

最近在做壳聚糖吸附铅离子。想通过分子模拟出铅离子是怎么与壳聚糖配位的。研究说与氨基配位或者与羟基配位，有争议。想通过分子模拟出最可能的配位方式，模拟出配位数。可是久久没有思路。

各位大神有什么好的思路吗？另外想通过实验方法测定配位数，有什么可行的办法吗？新手，憋了很久。求指点
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1楼 2013-05-23 20:51:07
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longwen36

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by quantumor at 2013-07-29 16:20:46
1、如果认定没有O原子的事，应当可以只考虑N原子；理论上预测的东西有时与实验有出入很正常，6配位如果算得下去，不妨一试，但个人认为似乎4配位靠谱点（个人的瞎想）；初始键长设定查下手册吧。XPS主要用于测分子中 ...

您好，6-31++G**没有这个选项**这个选项。您的意思是**代表不选吗？

如下图：
【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子
在上图中，请问那个spin该怎么选择，选unrestricted还是restricted？我以前一直选的是unrestricted

另外看了一些文献说根据基态选多重度，我的是singlet是基态吗？还是别的，怎么看呢？

谢谢！
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8楼2013-07-29 18:45:27
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
把你打算使用的糖模型弄个图看看，这个应该不难。
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longwen36
愿好运与快乐伴随你！
2楼2013-05-24 07:44:14
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longwen36

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by quantumor at 2013-05-24 07:44:14
把你打算使用的糖模型弄个图看看，这个应该不难。

您好，

下面是糖分子的结构
【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子-1

下面是Pb与六个糖分子螯合的构想图（这只是其一，可能还有其他）
【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子-2



问题：

1、通过模拟出最佳构型，然后想算出理论的红外光谱图，再与实验对比，想知道Pb等离子与糖的螯合方式。
但是问题是，理论优化的糖分子（图1）（这个昨天刚算过）用B3LYP/LanL2DZ计算出来的理论红外光谱与实验差的比较大？怎么办？修正还是？

2、构想出不同的螯合方式，然后计算红外光谱，再与实验相对比，这样可不可行？对比红外可靠吗？能说明问题吗？

3、实验室服务器配置
core i7 3770 + 16GB内存不知道算150多个原子能不能算的动啊？

不知道您有什么见解，请指教！

谢谢！
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3楼2013-07-28 23:46:28
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
Pb是主族元素，d轨道充满了电子，所以应存在4配位、6配位两种可能（需仔细查一下文献资料核实）；配位原子可能全是N、或全是O、或两者兼有，还可能就是同一分子中相邻的两个O或N、O去配位；总之，配合物的结构有非常多的可能性需要去做优化试探。

你给的配合物不是螯合物，因为配体全是单齿的，只有一个配体上有2个或2个以上的原子与中心离子配位时才是螯合物。还有，你的结构优化过了吗？看上去怎么那么拥挤？

最好草拟出多种可能的结构分别进行结构优化，然后计算光谱去对比，基本思路就是如此，只是工作非常繁重，要有耐心。除Pb外，其它原子的计算基组可试探换为6-31++G**。你现在的机器计算没问题，只是比较耗时。好运！
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longwen36
愿好运与快乐伴随你！
4楼2013-07-29 08:20:55
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