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longwen36铁杆木虫 (正式写手)
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[求助]
【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子 已有1人参与
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最近在做壳聚糖吸附铅离子。想通过分子模拟出铅离子是怎么与壳聚糖配位的。研究说与氨基配位或者与羟基配位，有争议。想通过分子模拟出最可能的配位方式，模拟出配位数。可是久久没有思路。 各位大神有什么好的思路吗？另外想通过实验方法测定配位数，有什么可行的办法吗？新手，憋了很久。求指点  |
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longwen36
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7楼2013-07-29 17:26:15
quantumor
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2楼2013-05-24 07:44:14
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送红花一朵 |
您好， 下面是糖分子的结构  下面是Pb与六个糖分子螯合的构想图（这只是其一，可能还有其他）  问题： 1、通过模拟出最佳构型，然后想算出理论的红外光谱图，再与实验对比，想知道Pb等离子与糖的螯合方式。 但是问题是，理论优化的糖分子（图1）（这个昨天刚算过）用B3LYP/LanL2DZ计算出来的理论红外光谱与实验差的比较大？怎么办？修正还是？ 2、构想出不同的螯合方式，然后计算红外光谱，再与实验相对比，这样可不可行？对比红外可靠吗？能说明问题吗？ 3、实验室服务器配置 core i7 3770 + 16GB内存不知道算150多个原子能不能算的动啊？ 不知道您有什么见解，请指教！ 谢谢！ |
3楼2013-07-28 23:46:28
quantumor
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Pb是主族元素，d轨道充满了电子，所以应存在4配位、6配位两种可能（需仔细查一下文献资料核实）；配位原子可能全是N、或全是O、或两者兼有，还可能就是同一分子中相邻的两个O或N、O去配位；总之，配合物的结构有非常多的可能性需要去做优化试探。 你给的配合物不是螯合物，因为配体全是单齿的，只有一个配体上有2个或2个以上的原子与中心离子配位时才是螯合物。还有，你的结构优化过了吗？看上去怎么那么拥挤？ 最好草拟出多种可能的结构分别进行结构优化，然后计算光谱去对比，基本思路就是如此，只是工作非常繁重，要有耐心。除Pb外，其它原子的计算基组可试探换为6-31++G**。你现在的机器计算没问题，只是比较耗时。好运！ |
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4楼2013-07-29 08:20:55
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