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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR引物中M、S、R、H等字母是什么意思？
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飘雪3889

木虫 (小有名气)

[求助] PCR引物中M、S、R、H等字母是什么意思？ 已有1人参与

在文献中看到一段话：PCR with genomic DNA of P. pastoris was performed
with the primer DW5 5'-TTY ACI ATG CCI TGG ACI MSI AC-3' and
DW30 5’-YKI GRI SHI GCI SCI GTI GTN CC-3'.
请问各位大侠，引物里面除了A、T、C、G，其它的字母分别代表什么意思？还有DW5和DW30是什么意思？
先谢过牛人们了~~
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1楼 2013-05-12 17:36:53
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德国工兵铲

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这是简并引物

比如你要克隆一个植物的某个基因，但是基因序列不知道，只能通过该植物同源性较高的其他植物该基因序列来设计引物。就是找很多其他基因比对，选取同源性较高的部位设计引物，但是好几个其他的植物，同源性再高也有不同的，同一个位置，A B C三个对应的是T  DEF对应的是G，那简并引物就是K了。
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5楼2013-05-13 13:44:43
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-05-12 18:27:46
简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基可能性的不同序列的混合物。为了增加特异性，可以参考密码子使用表，根据不同生物的碱基使用偏好，减少简并性。
核苷酸链中除出现正常的A、T、G、C四种碱基符号外还出现如R、Y、M、K等其它字母（其中R=A/G，Y=C/T，M=A/C，K=G/T，S=C/G，W= A/T，H= A/C/T，B= C/G/T，V=A/C/G， D=A/G /T,N=A/C/G/T）。
(http://baike.baidu.com/view/3796392.htm)
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處世樹為模，本固任從枝葉動；立身錢作樣，內方還要外邊圓。
2楼2013-05-12 18:04:07
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qqxs

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做生物的应该知道简并碱基的，基础知识要牢靠
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-05-13 13:15:38
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zhlf1989513

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-05-12 18:04:07
简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基可能性的不同序列的混合物。为了增加特异性，可以参考密码子使用表，根据不同生物的碱基使用偏好，减少简并性。
核苷酸链中除出现正常的A、T、G、C四种碱基符号外还出 ...

以前没有合成过简并引物。。。今天长见识了呢。。我想知道‘他/她’为什么要合成这种引物呢？这种引物有什么意义你呢？
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keepon
4楼2013-05-13 13:37:09
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