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western结果跟考马斯兰，质谱结果不符合！
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化学背景的生物新人跪求大家指点！！！是这样的，合成的drug固定到dynabeads上面后，跟空白组blank beads对照跑胶，然后找出特异蛋白带，跑了质谱，发现一个已知应该结合的蛋白，特异性结合到我的probe上面，这个实验重复做了多遍，一直特异性很好，没有在空白beads上面发现。然后订了此蛋白的一抗，然后又重复实验，western结果让我真的哭了出来。。。空白组跟实验组都有一个很明显的band！ 考马斯兰染色的时候也是发现空白组有非特异结合，但是明显实验组band更intensive! 然后查了很多资料，说western的一抗敏感度强，可以检测pg的蛋白，但是质谱要至少ng的蛋白量才能检测到，是不是有这种可能，我的蛋白结合空白组但是不如我的实验组强，并且空白组的结合蛋白量不能够被质谱检测出来（小于ng），而western实验太敏感，这样空白组跟实验组的蛋白都检测出来了？我用的一抗可能浓度也太高，用了1：100，第一次做防止检测不出来。。。但是一抗的特异性不错，就一条蛋白band。但是非常非常强的信号。。还有我的上样量如果很大程度的稀释，可以减少非特异结合么？现在疑问就是还有没有希望试一下稀释一抗，稀释上样量，然后能至少看出量的区别呢？我觉得pg就可以检测出来的话，western很难能分出blank跟实验组的区别吧？有点崩溃，特别崩溃！希望大家指点！！！！！！ |
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2楼2013-05-09 14:21:01
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感谢回复！我二抗是1：10000的浓度。BSA用的是3% in TTBS, block了过夜，在四度。一抗是3小时，室温，1：100 in 3% BSA, 然后rinse了两遍后，再用TTBS洗了三遍，每次10分钟，然后加的二抗，一小时室温，1：10000 in TTBS， 最后洗的时候也是先rinse，再三遍的十分钟。买的一抗上面说是N端的2-33个氨基酸。有另外一个蛋白我在空白组的质谱上面发现过，可能不是特异蛋白，是同一个family的，序列重合度跟我的目标蛋白很高。。。。就是有可能识别的是另外这个蛋白？但是这样的话至少应该看到两条蛋白带吧？不过这两个蛋白一上一下，大小很接近。可能我的蛋白带太浓，很粗，完全分不清楚也有可能。。。 二抗您觉得应该稀释到多少呢？ |
3楼2013-05-09 15:54:12
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iamvivien: 金币+4, ★★★很有帮助 2013-05-22 08:08:09
iamvivien: 金币+4, ★★★很有帮助 2013-05-22 08:08:09
| 我见到实验手册，一抗和二抗都可以稀释到1:100-1:15000 |
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2013-05-09 16:10:23, 10.74 M
4楼2013-05-09 16:03:01