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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于amber中 explicit solvent和implicit solvent的解释
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金虫 (小有名气)

[交流] 关于amber中 explicit solvent和implicit solvent的解释

动力学模拟中常见到implicit solvent和explicit solvent两种情况，对这两个专业名词的中文解释一直不是太确定，各位动力学大牛给个确切的解释和定义，谢谢！
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1楼 2013-05-08 17:04:14
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fhh2626

木虫 (正式写手)
★ ★
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Twitter: 金币+1 2013-05-10 10:40:54
隐性溶剂和显性溶剂啊
后者就是添加显性水分子溶剂到体系中
前者就是把水当作连续介质，做个近似的计算
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3楼2013-05-08 23:58:37
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hp2633819

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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Twitter: 金币+5 2013-05-10 10:40:22
网上多的是，可以先看看这个
http://biomaps.rutgers.edu/lecture_3_1_26_2010.pdf
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2楼2013-05-08 23:01:49
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faelwong

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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Twitter: 金币+5 2013-05-12 11:30:02
隐式溶溶剂和显式溶剂，一般显式溶剂加完之后看到一个一个的水分子，动力学模拟的时候比较常用，隐式溶剂在很多商业软件的能量最小化的时候都可以看到，运算量会小很多

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2013-05-12 09:33:59
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xikunneo1989

铜虫 (初入文坛)
★
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就是一个是隐含水（用GB或PB），一个是显含水。
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6楼2014-06-09 10:42:07
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