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xingqing3026

新虫 (小有名气)

[求助] 请教想局部替换我的pdb结构应该怎么办

我已经得到自己蛋白的pdb结构，但是我现在想把我结构的一部分用PDB里一个结构的对应部分替换（整体相似度70%）应该怎么办呀？我的结构是native的，别人加入底物后那部分变化了，我的其他部分不变只是某一部分完全替换成别人的后面做模拟，这个可以用什么软件做么？SWISS-model 出来的是不是完全根据模板带出来的呢？
希望各位专家指导，谢谢~O(∩_∩)O~
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1楼 2013-05-05 16:17:47
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xingqing3026

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-05-05 20:28:28
如LS所说，把两个PDB文件用记事本打开，对应部分替换就行了
替换过后可能位置不对，可以用VMD中的MOVE功能，用鼠标拖到相应的位置

如果你时候NAMD一类的软件的话可能还有修改拓扑文件

您好，能简单指导下在VMD里应该怎么移动么？刚装上这个软件还不太会，总显示无效命令，另外这个移动过去不完全匹配怎么办呀？非常感谢您能回复
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4楼2013-05-05 22:32:27
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-05-05 21:53:44
xingqing3026: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢，请问这个替换以后移动的问题该怎么办呢？ 2013-05-05 22:29:49
把两个PDB文件重叠到一起，在文本中把想要的部分的坐标替换过来。
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2楼2013-05-05 20:01:52
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-05 21:54:03
xingqing3026: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢~ 2013-05-05 22:30:14
如LS所说，把两个PDB文件用记事本打开，对应部分替换就行了
替换过后可能位置不对，可以用VMD中的MOVE功能，用鼠标拖到相应的位置

如果你时候NAMD一类的软件的话可能还有修改拓扑文件
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3楼2013-05-05 20:28:28
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fhh2626

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xingqing3026 at 2013-05-05 22:32:27
您好，能简单指导下在VMD里应该怎么移动么？刚装上这个软件还不太会，总显示无效命令，另外这个移动过去不完全匹配怎么办呀？非常感谢您能回复...

mouse -- move -- 里面有5种方式，除了atom其他四种你都试试，选择了之后用鼠标拖就行了

什么叫移动过去不完全匹配啊？ pdb文件里面不就储存的是原子坐标吗？
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5楼2013-05-05 22:43:24
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