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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Rosetta在线预测怎么只能提交一个蛋白
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totoro1992

新虫 (初入文坛)

[求助] Rosetta在线预测怎么只能提交一个蛋白

用Rosetta在线预测想对接两个蛋白，只能在Combined pdb file提交一个，Docking partners, list of chains separated by underscore (like:A_B or QW_CDE)是什么意思啊》？？
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1楼 2013-05-04 22:32:44
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-05 23:58:43
想再请教个问题 有一个完整蛋白和另一个蛋白domain的复合体结构，想把那个domain恢复成完整蛋白，这个用什么软件啊？...

你是说完整蛋白A和非完整蛋白B的复合物，想要把B补全，形成与A的完整复合物么？
如果PDB库中有B的完整结构，把它叠合到AB复合物的B domain就可以了，pymol就能做。如果没有B完整结构的话，只能同源模建一个然后再叠合了。
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4楼2013-05-06 00:18:56
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xxffliu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
totoro1992: 金币+2, ★★★★★最佳答案, 想再问一个问题 2013-05-05 23:54:34
你需要把配体和受体合并到一个PDB文件里（Combined pdb file），配体和受体分别标记为不同的Chain name，比如A和B，然后Docking partners写成A_B即可。
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2楼2013-05-05 23:27:09
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totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xxffliu at 2013-05-05 23:27:09
你需要把配体和受体合并到一个PDB文件里（Combined pdb file），配体和受体分别标记为不同的Chain name，比如A和B，然后Docking partners写成A_B即可。

想再请教个问题 有一个完整蛋白和另一个蛋白domain的复合体结构，想把那个domain恢复成完整蛋白，这个用什么软件啊？
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3楼2013-05-05 23:58:43
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totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xxffliu at 2013-05-06 00:18:56
你是说完整蛋白A和非完整蛋白B的复合物，想要把B补全，形成与A的完整复合物么？
如果PDB库中有B的完整结构，把它叠合到AB复合物的B domain就可以了，pymol就能做。如果没有B完整结构的话，只能同源模建一个然后再 ...

啊，我怎么把剩余金币给你呢？没有这个选项了
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5楼2013-05-06 07:15:16
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