应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Rosetta在线预测怎么只能提交一个蛋白
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1029  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

totoro1992

新虫 (初入文坛)

[求助] Rosetta在线预测怎么只能提交一个蛋白

用Rosetta在线预测想对接两个蛋白，只能在Combined pdb file提交一个，Docking partners, list of chains separated by underscore (like:A_B or QW_CDE)是什么意思啊》？？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

酶的资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-04 22:32:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
totoro1992: 金币+2, ★★★★★最佳答案, 想再问一个问题 2013-05-05 23:54:34
你需要把配体和受体合并到一个PDB文件里（Combined pdb file），配体和受体分别标记为不同的Chain name，比如A和B，然后Docking partners写成A_B即可。
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-05 23:27:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xxffliu at 2013-05-05 23:27:09
你需要把配体和受体合并到一个PDB文件里（Combined pdb file），配体和受体分别标记为不同的Chain name，比如A和B，然后Docking partners写成A_B即可。

想再请教个问题 有一个完整蛋白和另一个蛋白domain的复合体结构，想把那个domain恢复成完整蛋白，这个用什么软件啊？
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-05 23:58:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-05 23:58:43
想再请教个问题 有一个完整蛋白和另一个蛋白domain的复合体结构，想把那个domain恢复成完整蛋白，这个用什么软件啊？...

你是说完整蛋白A和非完整蛋白B的复合物，想要把B补全，形成与A的完整复合物么？
如果PDB库中有B的完整结构，把它叠合到AB复合物的B domain就可以了，pymol就能做。如果没有B完整结构的话，只能同源模建一个然后再叠合了。
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-06 00:18:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xxffliu at 2013-05-06 00:18:56
你是说完整蛋白A和非完整蛋白B的复合物，想要把B补全，形成与A的完整复合物么？
如果PDB库中有B的完整结构，把它叠合到AB复合物的B domain就可以了，pymol就能做。如果没有B完整结构的话，只能同源模建一个然后再 ...

啊，我怎么把剩余金币给你呢？没有这个选项了
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-06 07:15:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 totoro1992 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 342求调剂 +3 加油a李zs 2026-03-26 3/150 2026-03-27 00:29 by wxiongid
[考研] 化学308分求调剂 +5 你好明天你好 2026-03-23 5/250 2026-03-26 23:43 by 催化大白
[考研] 324求调剂 +4 wysyjs25 2026-03-21 4/200 2026-03-26 20:38 by fmesaito
[考研] 303求调剂 +7 元夕元 2026-03-20 8/400 2026-03-26 20:38 by 不吃魚的貓
[考研] 材料调剂 5+4 想要一壶桃花水 2026-03-25 10/500 2026-03-26 19:56 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线 +6 哈哈157349 2026-03-21 6/300 2026-03-26 10:39 by 醉在风里
[考研] 一志愿上海交大生物与医药专硕324分，求调剂 +6 jiajunX 2026-03-22 6/300 2026-03-25 23:05 by licg0208
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 化学调剂 +6 yzysaa 2026-03-21 6/300 2026-03-25 09:27 by aa331100
[考研] 材料学求调剂 +6 Stella_Yao 2026-03-20 6/300 2026-03-25 00:37 by baoball
[考研] 一志愿北化315 求调剂 +3 akrrain 2026-03-24 3/150 2026-03-24 19:35 by 了了了了。。
[考研] 材料292调剂 +8 橘颂思美人 2026-03-23 8/400 2026-03-24 16:33 by laoshidan
[考研] 284求调剂 +3 yanzhixue111 2026-03-23 6/300 2026-03-23 22:58 by pswait
[考研] 276求调剂 +3 YNRYG 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:31 by 醉在风里
[考研] 308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-21 3/150 2026-03-22 16:54 by i_cooler
[考研] 306求调剂 +5 来好运来来来 2026-03-22 5/250 2026-03-22 16:17 by BruceLiu320
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿深大，0703化学，总分302，求调剂 +4 七月-七七 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:20 by 学员8dgXkO
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭