应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Rosetta在线预测怎么只能提交一个蛋白
51/1返回列表
查看: 1131  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

totoro1992

新虫 (初入文坛)

[求助] Rosetta在线预测怎么只能提交一个蛋白

用Rosetta在线预测想对接两个蛋白，只能在Combined pdb file提交一个，Docking partners, list of chains separated by underscore (like:A_B or QW_CDE)是什么意思啊》？？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

酶的资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-04 22:32:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
totoro1992: 金币+2, ★★★★★最佳答案, 想再问一个问题 2013-05-05 23:54:34
你需要把配体和受体合并到一个PDB文件里（Combined pdb file），配体和受体分别标记为不同的Chain name，比如A和B，然后Docking partners写成A_B即可。
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-05 23:27:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xxffliu at 2013-05-05 23:27:09
你需要把配体和受体合并到一个PDB文件里（Combined pdb file），配体和受体分别标记为不同的Chain name，比如A和B，然后Docking partners写成A_B即可。

想再请教个问题 有一个完整蛋白和另一个蛋白domain的复合体结构，想把那个domain恢复成完整蛋白，这个用什么软件啊？
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-05 23:58:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by totoro1992 at 2013-05-05 23:58:43
想再请教个问题 有一个完整蛋白和另一个蛋白domain的复合体结构，想把那个domain恢复成完整蛋白，这个用什么软件啊？...

你是说完整蛋白A和非完整蛋白B的复合物，想要把B补全，形成与A的完整复合物么？
如果PDB库中有B的完整结构，把它叠合到AB复合物的B domain就可以了，pymol就能做。如果没有B完整结构的话，只能同源模建一个然后再叠合了。
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-06 00:18:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xxffliu at 2013-05-06 00:18:56
你是说完整蛋白A和非完整蛋白B的复合物，想要把B补全，形成与A的完整复合物么？
如果PDB库中有B的完整结构，把它叠合到AB复合物的B domain就可以了，pymol就能做。如果没有B完整结构的话，只能同源模建一个然后再 ...

啊，我怎么把剩余金币给你呢？没有这个选项了
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-06 07:15:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 totoro1992 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] FileCode能看出啥？ +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭