24小时热门版块排行榜    

查看: 975  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xzbb

铜虫 (小有名气)

[求助] 目标蛋白与模版同源性不到30%,用modeller建模能行吗? 已有3人参与

我有个酶克隆表达后,想对其建模,经blast比较最相似的模版也只有25%左右,用swiss-model建模后,模型的QMEAN Z-Score只有 -5.85,用PROCHECK评价分值也不高,我想问一下这种情况我换用modeller有无必要,能否改善建模结果?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

酶的资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 感谢提供思路 2014-01-12 09:03:36
解决这类的问题最好使用分段模建!每段来自不同的蛋白。
4楼2014-01-11 19:34:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xzbb: 金币+2, 有帮助 2013-05-06 19:03:21
看你建模目的了,如果是单单预测可能的三维结构,可以换modeller多模板建模试试;如果是用于MD之类的,个人认为没必要了,太低。
2楼2013-05-04 15:46:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-11 07:33:54
Z值太差了.....基本没意义

蛋白多大?可以考虑先看看能不能预测其二级结构,如果好的花再试试多模板模建
3楼2014-01-10 22:32:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fullhouses

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-05-30 20:14:22
理论上是30%同源就行了,我老板一般都要求35%以上,你的情况可以考虑自己处理一下模板,将目标终端结构与能找到的结构比较分析一下,再新建一个模板,再做模建
hi,everygus!
5楼2014-05-29 16:24:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 340求调剂 +3 话梅糖111 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:47 by hyzs6688
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +4 曼111 2026-03-24 5/250 2026-03-24 15:44 by 星空星月
[考研] 293求调剂 +6 加一一九 2026-03-24 6/300 2026-03-24 14:29 by JourneyLucky
[考博] 26申博自荐 +3 whh869393 2026-03-24 3/150 2026-03-24 09:55 by 21018060
[考研] 335求调剂 +4 yuyu宇 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 一志愿国科过程所081700,274求调剂 +3 三水研0水立方 2026-03-23 3/150 2026-03-23 23:11 by MajorWen
[考研] 336化工调剂 +4 王大坦1 2026-03-23 5/250 2026-03-23 18:32 by allen-yin
[考研] 306求调剂 +9 chuanzhu川烛 2026-03-18 9/450 2026-03-23 13:17 by luoyongfeng
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap- 2026-03-22 9/450 2026-03-23 12:57 by yqdszhdap-
[考研] 324求调剂 +6 lucky呀呀呀鸭 2026-03-20 6/300 2026-03-22 16:01 by ColorlessPI
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-20 7/350 2026-03-21 19:05 by 15709483992
[考研] 279求调剂 +5 红衣隐官 2026-03-21 5/250 2026-03-21 14:59 by lature00
[考研] 材料学学硕080502 337求调剂-一志愿华中科技大学 +4 顺顺顺mr 2026-03-18 5/250 2026-03-21 10:22 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +3 Ma_xt 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:05 by JourneyLucky
[考研] 南京大学化学376求调剂 +3 hisfailed 2026-03-19 6/300 2026-03-20 23:43 by hisfailed
[考研] 290求调剂 +7 ^O^乜 2026-03-19 7/350 2026-03-20 21:43 by JourneyLucky
[考研] 295复试调剂 +8 简木ChuFront 2026-03-19 8/400 2026-03-20 20:44 by zhukairuo
[考研] 一志愿福大288有机化学,求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 本科郑州大学物理学院,一志愿华科070200学硕,346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
信息提示
请填处理意见