应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 目标蛋白与模版同源性不到30%，用modeller建模能行吗？
51/1返回列表
查看: 982  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xzbb

铜虫 (小有名气)

[求助] 目标蛋白与模版同源性不到30%，用modeller建模能行吗？ 已有3人参与

我有个酶克隆表达后，想对其建模，经blast比较最相似的模版也只有25%左右，用swiss-model建模后，模型的QMEAN Z-Score只有 -5.85，用PROCHECK评价分值也不高，我想问一下这种情况我换用modeller有无必要，能否改善建模结果？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

酶的资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-04 09:28:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xzbb: 金币+2, ★有帮助 2013-05-06 19:03:21
看你建模目的了，如果是单单预测可能的三维结构，可以换modeller多模板建模试试；如果是用于MD之类的，个人认为没必要了，太低。
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-04 15:46:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-11 07:33:54
Z值太差了.....基本没意义

蛋白多大？可以考虑先看看能不能预测其二级结构，如果好的花再试试多模板模建
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-10 22:32:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢提供思路 2014-01-12 09:03:36
解决这类的问题最好使用分段模建！每段来自不同的蛋白。
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-11 19:34:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fullhouses

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:14:22
理论上是30%同源就行了，我老板一般都要求35%以上，你的情况可以考虑自己处理一下模板，将目标终端结构与能找到的结构比较分析一下，再新建一个模板，再做模建
赞一下 回复此楼
hi,everygus！
5楼2014-05-29 16:24:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xzbb 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 07化学280分求调剂 +6 722865 2026-03-23 6/300 2026-03-24 20:58 by allen-yin
[考研] 086003食品工程求调剂 +5 淼淼111 2026-03-24 5/250 2026-03-24 20:53 by lailaisimei
[考研] 材料专硕找调剂 +5 哈哈哈吼吼吼哈 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:07 by 了了了了。。
[考研] 求调剂 +5 林之夕 2026-03-24 5/250 2026-03-24 17:16 by dick_runner
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +5 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 5/250 2026-03-24 16:52 by 星空星月
[考研] 300求调剂，材料科学英一数二 +5 leaflight 2026-03-24 5/250 2026-03-24 16:25 by laoshidan
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[考研] 一志愿上海交大生物与医药专硕324分，求调剂 +5 jiajunX 2026-03-22 5/250 2026-03-23 18:07 by YMU施老师
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +8 tcxiaoxx 2026-03-20 9/450 2026-03-23 12:16 by tcxiaoxx
[考研] 298求调剂 +8 上岸6666@ 2026-03-20 8/400 2026-03-23 11:02 by laoshidan
[考研] 070300，一志愿北航320求调剂 +3 Jerry0216 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:16 by 。。堂堂
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 289求调剂 +7 怀瑾握瑜l 2026-03-20 7/350 2026-03-22 15:57 by ColorlessPI
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 297求调剂 +11 戏精丹丹丹 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:47 by ColorlessPI
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] 295材料求调剂，一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[考研] 0856调剂，是学校就去 +8 sllhht 2026-03-19 9/450 2026-03-20 14:25 by 无懈可击111
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭