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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 目标蛋白与模版同源性不到30%，用modeller建模能行吗？
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xzbb

铜虫 (小有名气)

[求助] 目标蛋白与模版同源性不到30%，用modeller建模能行吗？ 已有3人参与

我有个酶克隆表达后，想对其建模，经blast比较最相似的模版也只有25%左右，用swiss-model建模后，模型的QMEAN Z-Score只有 -5.85，用PROCHECK评价分值也不高，我想问一下这种情况我换用modeller有无必要，能否改善建模结果？
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1楼 2013-05-04 09:28:30
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xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xzbb: 金币+2, ★有帮助 2013-05-06 19:03:21
看你建模目的了，如果是单单预测可能的三维结构，可以换modeller多模板建模试试；如果是用于MD之类的，个人认为没必要了，太低。
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2楼2013-05-04 15:46:13
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-11 07:33:54
Z值太差了.....基本没意义

蛋白多大？可以考虑先看看能不能预测其二级结构，如果好的花再试试多模板模建
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3楼2014-01-10 22:32:13
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢提供思路 2014-01-12 09:03:36
解决这类的问题最好使用分段模建！每段来自不同的蛋白。
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4楼2014-01-11 19:34:59
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fullhouses

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:14:22
理论上是30%同源就行了，我老板一般都要求35%以上，你的情况可以考虑自己处理一下模板，将目标终端结构与能找到的结构比较分析一下，再新建一个模板，再做模建
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hi,everygus！
5楼2014-05-29 16:24:19
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