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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 菌株鉴定
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baopeng

木虫 (正式写手)

[求助] 菌株鉴定

分离到一株新的厌氧菌，如何证明它是一个新的属；与现有的最近接的标准菌株对比需要测哪些指标？
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zrg1989

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1楼 2013-05-03 16:05:49
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zrg1989

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
如果你要做的是新种鉴定，简单的方法就是你去找跟你的菌16S序列最相近的那个菌种的鉴定论文（一般在IJSEM），看他做哪些指标，你大概就也做哪些指标，一般包括生理生化特性、脂肪酸图谱、呼吸醌类型、GC含量、极性脂类型、形态等等。
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6楼2013-05-04 17:24:56
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renzhiq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助交流! 2013-05-03 20:34:51
你为什么觉得它就是一个新属呢？要鉴定到是不难，找到保守序列，设计引物，P出来测序比对。如果初步确定是新种，且性能优越，可考虑进一步全基因测序……
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2楼2013-05-03 17:16:52
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baopeng

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by renzhiq at 2013-05-03 17:16:52
你为什么觉得它就是一个新属呢？要鉴定到是不难，找到保守序列，设计引物，P出来测序比对。如果初步确定是新种，且性能优越，可考虑进一步全基因测序……

16sDNA 与最接近标准菌株相似度为96%。审稿人说可能是新的属，让进一步鉴定，我不知道该比对哪些指标才可以说明是新的属。。。
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3楼2013-05-03 21:18:02
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renzhiq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
baopeng: 金币+5, ★有帮助, 多谢！ 2013-05-04 09:25:26
引用回帖:
3楼: Originally posted by baopeng at 2013-05-03 21:18:02
16sDNA 与最接近标准菌株相似度为96%。审稿人说可能是新的属，让进一步鉴定，我不知道该比对哪些指标才可以说明是新的属。。。...

照你这么说就简单了，直接测序。也不贵，现在测个全基因组也就1万多块钱。最粗暴的办法最能说明问题，测序出来之后，就这个菌株，你们可以出好几篇文章，值得的……
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baopeng
4楼2013-05-03 23:29:43
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