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baopeng

木虫 (正式写手)

[求助] 菌株鉴定

分离到一株新的厌氧菌，如何证明它是一个新的属；与现有的最近接的标准菌株对比需要测哪些指标？
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zrg1989

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1楼 2013-05-03 16:05:49
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zrg1989

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
如果你要做的是新种鉴定，简单的方法就是你去找跟你的菌16S序列最相近的那个菌种的鉴定论文（一般在IJSEM），看他做哪些指标，你大概就也做哪些指标，一般包括生理生化特性、脂肪酸图谱、呼吸醌类型、GC含量、极性脂类型、形态等等。
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6楼2013-05-04 17:24:56
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普通回帖

renzhiq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助交流! 2013-05-03 20:34:51
你为什么觉得它就是一个新属呢？要鉴定到是不难，找到保守序列，设计引物，P出来测序比对。如果初步确定是新种，且性能优越，可考虑进一步全基因测序……
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2楼2013-05-03 17:16:52
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baopeng

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by renzhiq at 2013-05-03 17:16:52
你为什么觉得它就是一个新属呢？要鉴定到是不难，找到保守序列，设计引物，P出来测序比对。如果初步确定是新种，且性能优越，可考虑进一步全基因测序……

16sDNA 与最接近标准菌株相似度为96%。审稿人说可能是新的属，让进一步鉴定，我不知道该比对哪些指标才可以说明是新的属。。。
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3楼2013-05-03 21:18:02
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renzhiq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
baopeng: 金币+5, ★有帮助, 多谢！ 2013-05-04 09:25:26
引用回帖:
3楼: Originally posted by baopeng at 2013-05-03 21:18:02
16sDNA 与最接近标准菌株相似度为96%。审稿人说可能是新的属，让进一步鉴定，我不知道该比对哪些指标才可以说明是新的属。。。...

照你这么说就简单了，直接测序。也不贵，现在测个全基因组也就1万多块钱。最粗暴的办法最能说明问题，测序出来之后，就这个菌株，你们可以出好几篇文章，值得的……
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baopeng
4楼2013-05-03 23:29:43
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baopeng

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by renzhiq at 2013-05-03 23:29:43
照你这么说就简单了，直接测序。也不贵，现在测个全基因组也就1万多块钱。最粗暴的办法最能说明问题，测序出来之后，就这个菌株，你们可以出好几篇文章，值得的……...

多谢啦
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5楼2013-05-04 09:24:54
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baopeng

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zrg1989 at 2013-05-04 17:24:56
如果你要做的是新种鉴定，简单的方法就是你去找跟你的菌16S序列最相近的那个菌种的鉴定论文（一般在IJSEM），看他做哪些指标，你大概就也做哪些指标，一般包括生理生化特性、脂肪酸图谱、呼吸醌类型、GC含量、极性脂 ...

多谢，有帮助！
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7楼2013-05-04 19:40:05
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by baopeng at 2013-05-03 21:18:02
16sDNA 与最接近标准菌株相似度为96%。审稿人说可能是新的属，让进一步鉴定，我不知道该比对哪些指标才可以说明是新的属。。。...

96%的相似性可能是新属？这个审稿人是外行吧，一般到95%以下才有可能是新属了。他是根据什么认定可能是新属的？
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好好努力
8楼2013-05-05 21:19:07
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baopeng

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-05-05 21:19:07
96%的相似性可能是新属？这个审稿人是外行吧，一般到95%以下才有可能是新属了。他是根据什么认定可能是新属的？...

相近的标准菌株只有一株，审稿人猜测这两株同属一个新的属。。。
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9楼2013-05-05 22:32:32
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by baopeng at 2013-05-05 22:32:32
相近的标准菌株只有一株，审稿人猜测这两株同属一个新的属。。。...

那就是你误会审稿人的意思了，他说是“同属一个新的属”，那就是这个属已经建立了，你这个只能算是新种了。不过由于是第二个种，需不需要完全按那个标株的方法来做，最好还是找个专家讨论一下。
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好好努力
10楼2013-05-06 08:28:05
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