| 查看: 1940 | 回复: 2 | ||
[求助]
对一个基因的生物信息学分析
|
| 最近刚刚完成了一个基因的克隆，用以做基因敲除，现在想写一篇有关该基因的克隆及生物信息学分析，请问我应该分析那些方面，用到那些软件呢 |
回复此楼» 猜你喜欢
假如你的研究生提出不合理要求
已经有10人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
全日制（定向）博士
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 癌症生物信息学和系统生物学的基因组数据库资源【转帖】
已经有5人回复
- 想知道某种微生物代谢产物的产生基因并对该基因进行研究，该如何操作？论文也行
已经有6人回复
- 拿到基因全长，做什么？
已经有10人回复
- 500金币 中文翻译为英文
已经有1人回复
- 求助 高通量测序
已经有3人回复
- 【Journal Club】第3讲 水稻全基因组基因网络生物信息学平台的建立
已经有33人回复
- 转录组研究前沿
已经有21人回复
- 温州医学院基因组医学研究院招聘生物信息学研究人员
已经有4人回复
- 华大基因发布生物信息学软件
已经有11人回复
- 华大基因生物信息学--暑期培训班
已经有4人回复
qdwmq
木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1718.2
- 散金: 3
- 红花: 2
- 帖子: 687
- 在线: 115.1小时
- 虫号: 369270
- 注册: 2007-05-12
- 性别: GG
- 专业: 免疫生物学
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢分享经验 2013-05-04 07:56:35
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢分享经验 2013-05-04 07:56:35
|
Sequence analysis, multiple sequences alignment and phylogenetic analysis The searches for nucleotide and protein sequence similarities were conducted with BLAST algorithm at the National Center for Biotechnology Information (NCBI, http://www.ncbi.nlm.gov/blast). The deduced amino acid sequence of EsCypA was analyzed with the Expert Protein Analysis System (Expasy, http://www.expasy.org/). SignalP 3.0 program was utilized to predict the presence and location of signal peptide (http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/). The protein motif features were predicted by Simple Modular Architecture Research Tool (SMART) version 7.0 (http://smart.embl-heidelberg.de/). Multiple sequence alignment of EsCypA and other reported Cyps was performed with ClustalW multiple alignment program (http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/) and multiple alignment show program (http://www.bioinformatics.org/sms/). An unrooted phylogenic tree was constructed based on the deduced amino acid sequences of EsCypA and other reported Cyps by the neighbor-joining (NJ) algorithm using the MEGA 5.05 software (http://www.megasoftware.net). To derive the confidence value for the phylogeny analysis, bootstrap trials were replicated 1000 times. from my paper-The molecular characterization of A cyclophilin A from Chinese mitten crab Eriocheir sinensis and the antifungal activity of its recombinant protein |
2楼2013-05-02 18:08:08
3楼2013-05-03 16:47:32