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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 编辑gro文件来模拟包含阴阳离子液体时需要设置初始速度吗？
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coko104

铜虫 (初入文坛)

[求助] 编辑gro文件来模拟包含阴阳离子液体时需要设置初始速度吗？

以前用GAUSS都是先模拟单个阴阳离子的构型，再来编辑GRO文件的。这一次换了个方法，直接模拟整个离子液体，编辑GRO文件再运行GROMPP时就遇到了错误

我按照网上教程，以前自己编辑的GRO文件都是不加初始速度的，而网上教程似乎都要加上初始速度的
具体gro文件格式如下：

求问大神，如何解决？？？
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1楼 2013-04-29 10:28:02
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
coko104: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢版主！！！ 2013-06-04 16:26:38
1、根据我的理解，有无初始速度无所谓，因为我在模拟的时候，第一步的初始坐标格式有的是PDB 格式，有的是GRO 格式，都可以，而且都没有速度信息，在你模拟时，会根据温度设置产生速度。
2、貌似贴出的错误提示信息，是说你生成的gro  文件的格式有问题
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2楼2013-04-29 14:58:55
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