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coko104

铜虫 (初入文坛)

[求助] 编辑gro文件来模拟包含阴阳离子液体时需要设置初始速度吗?

以前用GAUSS都是先模拟单个阴阳离子的构型,再来编辑GRO文件的。这一次换了个方法,直接模拟整个离子液体,编辑GRO文件再运行GROMPP时就遇到了错误

我按照网上教程,以前自己编辑的GRO文件都是不加初始速度的,而网上教程似乎都要加上初始速度的
具体gro文件格式如下:

求问大神,如何解决???
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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
coko104: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢版主!!! 2013-06-04 16:26:38
1、根据我的理解,有无初始速度无所谓,因为我在模拟的时候,第一步的初始坐标格式有的是PDB 格式,有的是GRO 格式,都可以,而且都没有速度信息,在你模拟时,会根据温度设置产生速度。
2、貌似贴出的错误提示信息,是说你生成的gro  文件的格式有问题
2楼2013-04-29 14:58:55
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