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yuezhifang

金虫 (小有名气)

[交流] A类错误求助 已有2人参与

PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O14     is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?   
怎么改啊？我用isor修过了，这个错误还是修不掉，求帮助
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1楼 2013-04-28 20:56:39
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wangningsir

木虫 (著名写手)

上书房行走
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
lijunjie84: 金币+1, 感谢热心参与 2013-05-01 20:44:38
用 eadp命令试试。比如说o14和o13的adp相似，就在ins中加入命令行：eadp o14 o13，同时将o13的adp三个参数copy给o14. 精修几轮应该就可以了。
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文艺青年researchid: http://www.researcherid.com/rid/G-7891-2011
2楼2013-04-29 12:51:38
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yuezhifang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wangningsir at 2013-04-29 20:54:19
不是长不长出H的问题，先在ins文件加入htab命令精修一轮，在lst文件中查看hydrogen bond, O5的氢原子可能有更合适的位置，用提供的合理H坐标取代原来的坐标，就可以消除这个错误了...

lst文件中是这
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O5-H5          0.820
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O5:
   0.3116  0.8665  0.7391  O..O3 [ -x+1, y-1/2, -z+3/2 ]  2.880
   0.3156  1.0323  0.7785  O..O1 [ -x+1, y+1/2, -z+3/2 ]  2.964
   0.3189  0.9129  0.8377  O..O4   3.015
   0.2211  0.9146  0.7482  O..Cl1 [ -x+1, -y+1, -z+1 ]  3.610
------------------------------------------------------------------------------
没有H坐标啊？
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10楼2013-04-30 13:54:58
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yuezhifang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangningsir at 2013-04-29 12:51:38
用 eadp命令试试。比如说o14和o13的adp相似，就在ins中加入命令行：eadp o14 o13，同时将o13的adp三个参数copy给o14. 精修几轮应该就可以了。

谢谢，消掉了，佩服
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3楼2013-04-29 19:42:18
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yuezhifang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangningsir at 2013-04-29 12:51:38
用 eadp命令试试。比如说o14和o13的adp相似，就在ins中加入命令行：eadp o14 o13，同时将o13的adp三个参数copy给o14. 精修几轮应该就可以了。

再求教一个B类错误
PLAT029_ALERT_3_B _diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......      0.951
用omit修过后这个错误消失，但生成一个新的A类错误，怎么办？
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4楼2013-04-29 20:09:05
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yuezhifang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangningsir at 2013-04-29 12:51:38
用 eadp命令试试。比如说o14和o13的adp相似，就在ins中加入命令行：eadp o14 o13，同时将o13的adp三个参数copy给o14. 精修几轮应该就可以了。

还有这个PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O5     -   H5     ...          ?
我修了很多次，O5确实再也长不出H了，它是配位OH根，怎么办？
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5楼2013-04-29 20:19:19
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wangningsir

木虫 (著名写手)

上书房行走
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by yuezhifang at 2013-04-29 20:09:05
再求教一个B类错误
PLAT029_ALERT_3_B _diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......      0.951
用omit修过后这个错误消失，但生成一个新的A类错误，怎么办？...

形成了什么样的A错误？
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yuezhifang
文艺青年researchid: http://www.researcherid.com/rid/G-7891-2011
6楼2013-04-29 20:51:54
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wangningsir

木虫 (著名写手)

上书房行走
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by yuezhifang at 2013-04-29 20:19:19
还有这个PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O5     -   H5     ...          ?
我修了很多次，O5确实再也长不出H了，它是配位OH根，怎么办？...

不是长不长出H的问题，先在ins文件加入htab命令精修一轮，在lst文件中查看hydrogen bond, O5的氢原子可能有更合适的位置，用提供的合理H坐标取代原来的坐标，就可以消除这个错误了
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文艺青年researchid: http://www.researcherid.com/rid/G-7891-2011
7楼2013-04-29 20:54:19
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xuling321

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wangningsir at 2013-04-29 20:54:19
不是长不长出H的问题，先在ins文件加入htab命令精修一轮，在lst文件中查看hydrogen bond, O5的氢原子可能有更合适的位置，用提供的合理H坐标取代原来的坐标，就可以消除这个错误了...

正解！
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8楼2013-04-29 23:13:37
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yuezhifang

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by wangningsir at 2013-04-29 20:51:54
形成了什么样的A错误？...

谢谢，生成的是ADP of Atom O1     is N.P.D. or (nearly) 2D ...      错误，用你上次教的方法已经消掉了
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9楼2013-04-30 12:30:48
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