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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 真心求助，希望大家帮帮忙
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huyingdamon

银虫 (小有名气)

[求助] 真心求助，希望大家帮帮忙

我要计算两个分子之间的相互作用能，先要知道他们的pdb文件，不是蛋白分子，请问我应该怎么得到pdb文件，然后怎么转成拓扑文件。谢谢大家啦……
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1楼 2013-04-28 09:31:37
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 469187892 at 2013-05-13 16:38:26
我觉得你先构建小分子，优化，保存为pdb文件，然后用PRODRG软件，把你构建的小分子坐标贴上去就好，运行，就可以得到gromacs识别的小分子top文件，不过用PRODRG软件，得到的小分子的电荷往往不准确。

谢谢你哈
我也知道像你那说的那样，不过构建小分子的软件随便哪个都行还是哪个最好啊，谢谢哈
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11楼2013-05-16 19:34:26
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金虫 (小有名气)

铁军

【答案】应助回帖

★ ★
huyingdamon: 金币+2, ★有帮助 2013-05-08 19:20:17
你先构建这两个小分子，保存pdb格式，优化后用antechamber生成参数文件
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阿尔法狼，永远的追求！
2楼2013-05-08 17:16:21
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Twitter at 2013-05-08 17:16:21
你先构建这两个小分子，保存pdb格式，优化后用antechamber生成参数文件

比如我要用到的是甲基丙烯酸的，应该怎么做呢，嫩更具体点吗，还有我能用PRODRG软件生成拓扑吗
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3楼2013-05-08 19:22:03
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Twitter at 2013-05-08 17:16:21
你先构建这两个小分子，保存pdb格式，优化后用antechamber生成参数文件

还有我用的是gromacs模拟，希望您能帮帮忙，十分感谢哈
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4楼2013-05-08 20:06:58
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