查看: 1120  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


[求助] 真心求助,希望大家帮帮忙

我要计算两个分子之间的相互作用能,先要知道他们的pdb文件,不是蛋白分子,请问我应该怎么得到pdb文件,然后怎么转成拓扑文件。谢谢大家啦……
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


引用回帖:
8楼: Originally posted by 469187892 at 2013-05-13 16:38:26
我觉得你先构建小分子,优化,保存为pdb文件,然后用PRODRG软件,把你构建的小分子坐标贴上去就好,运行,就可以得到gromacs识别的小分子top文件,不过用PRODRG软件,得到的小分子的电荷往往不准确。

谢谢你哈
我也知道像你那说的那样,不过构建小分子的软件随便哪个都行还是哪个最好啊,谢谢哈
11楼2013-05-16 19:34:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

Twitter

金虫 (小有名气)

铁军

【答案】应助回帖

★ ★
huyingdamon: 金币+2, 有帮助 2013-05-08 19:20:17
你先构建这两个小分子,保存pdb格式,优化后用antechamber生成参数文件
阿尔法狼,永远的追求!
2楼2013-05-08 17:16:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by Twitter at 2013-05-08 17:16:21
你先构建这两个小分子,保存pdb格式,优化后用antechamber生成参数文件

比如我要用到的是甲基丙烯酸的,应该怎么做呢,嫩更具体点吗,还有我能用PRODRG软件生成拓扑吗
3楼2013-05-08 19:22:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by Twitter at 2013-05-08 17:16:21
你先构建这两个小分子,保存pdb格式,优化后用antechamber生成参数文件

还有我用的是gromacs模拟,希望您能帮帮忙,十分感谢哈
4楼2013-05-08 20:06:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见