版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 shiyiwenren 的 18 个金币

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

模拟EPI: 2
应助: 4 (幼儿园)
金币: 11710.4
帖子: 2450
在线: 1187小时
虫号: 886290

[交流] 分享一个计算孔径分布的程序同时求助该程序使用时碰到的问题

以前做多孔材料的模拟的时候，一直想看下材料的孔径分布，但是不知道怎么进行这方面的模拟，今天在google上搜索pore size distribution的时候，惊喜地发现有人提供了这方面计算的程序，网址如下：
http://supriyo.net/research/psd/psd.htm
我将上面的程序下载了下来，并上传到小木虫上，大家有兴趣可以看下，相互交流一下。网上提供了两个版本的程序：普通的和可以并行的。
我将这两个程序都尝试安装到自己组里的机群上了，但是在用的时候发现有很多问题。
首先我安装了普通版本的，我将PSDsolv.tar.gz文件解压到自己新建的目录下面，然后按照readme里的说明执行操作的时候，在第一步就碰到了错误，readme文件内容如下：
******************* PSDsolv v.1.0 **********************

Author of psd.cpp: Supriyo Bhattacharya
solvopt.cpp and solvopt.h were included upon permission
from Prof. Franz Kappel. ran_nr.cpp is taken from
"Numerical Recipes in C++"

Feel free to modify / distribute the original code for
nonprofit / academic purposes. I give permission for
commercial use of my own code, however solvopt is
forbidden from being used commercially. Therefore
commercial users can use the code as long as they
provide their own nonlinear optimization routine and
give proper credits to the author and cite the reference
given at the end of this document. Also, commercial
establishments may not prohibit others from modifying
/ distributing the original codes either for nonprofit
or for commercial purposes.

GENERAL DESCRIPTION

This program calculates the pore size distribution
from a structure file. The program does not need the
connect records, only the locations and atom types,
so the xyz format is the simplest to work with. If
your structure is in a pdb or mol2 format, use babel
to convert: i.e. openbabel -ipdb struc.pdb -oxyz struc.xyz
The atoms are modeled as hard spheres (vdW radii).
The program uses a nonlinear optimization routine (SOLVOPT)

INSTALL

Run the install script (./install)
Then place the executable (psd) somewhere in your path or
create a link in /usr/local/bin.
Place radii_list.dat in the same directory where you run
the program. This file  contains the vdW radii of the
common atom types used by the program. New user defined
atom types can be added to radii_list.dat.

RUN

psd
A bin width of 0.25A seems to be the optimum.  The output produces
three files: psd_diff.dat (the actual distribution), psd_cumm.dat
(cummulative PSD, see paper for explanation) and error.dat (shows
the average error over time / MC steps).

Once you start the program, a rough profile can be seen within an hour.
However, it may take upto 24 hours to get a smooth profile
(depending on the system size). Please continue to monitor the
distribution and the estimated error. Once you are satisfied with the results,
just kill the process, simple!!

OTHER INFO

Please cite the following:
psd calculation:
S. Bhattacharya and K. E. Gubbins, fast Method for Computing
Pore Size Distributions of Model Materials, Langmuir 2006, 22, 7726.

solvopt:
F. Kappel and A. V. Kuntsevich, Comput. Optim. Appl. 2000, 15, 193.

Send all comments to sup27606@yahoo.com
---------------------------------------------------------------------------------------------------
我执行了./install后，跳出如下说明：
cc1plus: error: unrecognized command line option "-fast"
cc1plus: error: unrecognized command line option "-fast"
我对install进行了编译，删除了原来里面包含的-fast后，再重新执行./install后，跳出如下说明：
solvopt.cpp: In function 鈊ouble solvopt(short unsigned int, double*, double (*)(double*), double (*)(double*, double*), double*, double (*)(double*), double (*)(double*, double*))?
solvopt.cpp:186: warning: converting to 鈙hort unsigned int?from 鈊ouble?
solvopt.cpp:205: warning: converting to 鈙hort int?from 鈊ouble?
In file included from /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.1.2/../../../../include/c++/4.1.2/backward/iostream.h:31,
               from psd.cpp:1:
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.1.2/../../../../include/c++/4.1.2/backward/backward_warning.h:32:2: warning: #warning This file includes at least one deprecated or antiquated header. Please consider using one of the 32 headers found in section 17.4.1.2 of the C++ standard. Examples include substituting the header for the header for C++ includes, or instead of the deprecated header . To disable this warning use -Wno-deprecated.
In file included from psd.cpp:7:
ran_nr.cpp:58:2: warning: no newline at end of file
gettime.c: In function 鈏nt gettime(double*)?
gettime.c:8: error: aggregate 鈚imezone tz?has incomplete type and cannot be defined
gettime.c:11: error: 鈍ettimeofday?was not declared in this scope
psd.cpp: In function 鈒ong int nearest(double)?
psd.cpp:17: warning: converting to 鈒ong int?from 鈊ouble
所以程序在进行install的时候就执行不下去了，也就没有能用这个程序进行测试。我用C++对程序里包含的.cpp和.c文件进行了compile，发现都有提示程序有错误。但是因为我自己不会C++编程，所以也不知道怎么解决。希望有用过这个程序的人能给与帮助吧。

回复此楼

» 本帖附件资源列表

欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：libolin3@tal.com
附件 1 : PSDsolv.tar.gz

2013-04-27 16:42:27, 13.99 K

附件 2 : PSDsolvMPI.tar.gz

2013-04-27 16:42:35, 14.72 K

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

安德

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

求助氮气吸脱曲线给出的t-plot数据怎么解释？已经有11人回复
求助：氮气吸脱附曲线及BJH孔径分布的的作图（急）已经有27人回复
求助，氮气吸附脱附曲线及孔径分布图已经有5人回复
BET孔径分布图求助已经有22人回复
【求助】孔径分布图纵坐标代表什么意思急！！！！！已经有22人回复
【求助】有关BET孔径分布已经有6人回复
【求助】请教关于氮气吸附等温线的问题？已经有13人回复
【求助】孔径分布解析已经有11人回复
【求助】氮吸附吸附线与孔径大小的关系已经有16人回复
【求助】ASAP2020做孔径分布已经有7人回复
【求助】请教一下美国康塔或麦克的物理化学吸附仪什么型号比较好，价格怎么样？已经有19人回复
【求助】N2-bet的结果中，用哪个数据做孔径分布图呀已经有8人回复
【请教】求助有关BET的问题已经有8人回复
【求助】比表面积，孔容，孔径分布求助 50金币已经有26人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:
查看全部散金贴

1楼2013-04-27 16:57:38

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

安德

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 69 (初中生)
金币: 7097.5
帖子: 1271
在线: 846.4小时
虫号: 818168

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

送红花一朵
shiyiwenren: 金币+1 2013-05-02 08:34:02

虽然不是很容易看明白，但是为楼主这种认真的精神感动的泪流满面，送你一朵红花聊表我的敬意！

赞一下