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yiran870804

新虫 (小有名气)

[求助] Gromacs怎么把一个聚集体放在盒子中心

1. Gromacs中有什么命令,能把一个聚集体放在盒子中心?该聚集体由多个单粒子组成,互相之间没有成键,即一个粒子就为一个分子。
2. 如果受周期边界影响,该聚集体在盒子两侧,怎么把它移到盒子中心?
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-11 13:46:17
yiran870804: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢啦~ 2013-05-12 20:18:52
http://www.mdbbs.org/thread-2906-1-1.html
看看这个帖子,希望对你有用。
2楼2013-05-11 09:45:19
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xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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yiran870804: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢啦 2013-05-21 16:11:57
1、可以用editconf中的-c来实现
2、可以通过trjconv中的-pbc nojump -center来实现
3楼2013-05-11 17:24:10
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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yiran870804: 金币+30 2013-05-21 16:12:14
Vmd有个PBC Wrap功能专门做这个事情

详见
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/ 的Wrap部分
4楼2013-05-12 11:12:49
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