应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求问各位大神，有没有 快速 批量 比对16S或ITS序列的软件或方法？
51/1返回列表
查看: 2572  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

justrightnow

铜虫 (小有名气)

[交流] 求问各位大神，有没有 快速 批量 比对16S或ITS序列的软件或方法？ 已有5人参与

家好，我是做松材线虫病防治方面的，主要在环境中寻找分离该病害相关的微生物，现在用纯培养法分离到了很多微生物，纯化后对它们进行了测序，细菌16S；真菌ITS1和4，
现在要去比对这些序列，目前我用的方法是挨个比对，公司给的测序结果中的seq文件，用记事本打开，然后将内容复制到NCBI——blast中
这样粘贴过去后会有换行，还要挨个删除，好麻烦好浪费时间，，，
求问各位大神，有没有 快速 批量 比对16S或ITS序列的软件或方法？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
一心一意持续镇定关注
1楼 2013-04-25 14:33:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhanqgao

禁虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
3楼2013-04-26 08:16:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

wwmei

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
choromas 可以直接打开，或者NCBI直接可以上载
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-25 19:24:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
拼接序列进行比对的时候，你可以将所有的拼接序列整理到一起。记得要是fasta格式的。
然后全部拷贝的NCBI比对的那个对话框里，然后进行比对。这样比对出来的就是所有的结果了。只是在比对页面里会是显示一个结果。你需要在那个页面上面选择你的样本名，然后显示另外一个样本的结果。这样就不需要一个个的比对了。但是如果样本太多，速度会比较慢。
另外，一个样本比对的时候，只拷贝序列进去，里面有空格没关系，照样会比对成功的。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-04-26 08:59:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
赞一下 回复此楼
6楼2013-05-06 11:00:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学 305求调剂 +4 FY_yy 2026-03-14 4/200 2026-03-19 05:54 by anny19840123
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +4 Ymlll 2026-03-18 6/300 2026-03-18 22:15 by li123456789.
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-17 7/350 2026-03-18 20:41 by Wangjingyue
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 9/450 2026-03-18 15:31 by vgtyfty
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-13 6/300 2026-03-18 14:14 by 脱颖而出
[考研] 302求调剂 +10 呼呼呼。。。。 2026-03-17 10/500 2026-03-18 12:45 by Linda Hu
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 0703化学求调剂 总分331 +3 ZY-05 2026-03-13 3/150 2026-03-18 10:58 by macy2011
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[基金申请] 被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了 +4 beefly 2026-03-14 4/200 2026-03-17 22:04 by 黄鸟于飞Chao
[考研] 268求调剂 +7 好运连绵不绝 2026-03-12 8/400 2026-03-17 20:28 by xilongliang
[考研] 268求调剂 +8 一定有学上- 2026-03-14 9/450 2026-03-17 17:47 by laoshidan
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭