24小时热门版块排行榜    

查看: 981  |  回复: 2

yxqfzc

新虫 (小有名气)

[求助] 求问各位大神,怎么将两条建好的蛋白链拼在一起形成异源二聚体啊???已有1人参与

我用modeller建了两条蛋白链,但是现在遇到了问题,就是要怎么把两条链拼在一起形成异源二聚体呢?在modeller脚本有看到
from modeller import *
from modeller.automodel import *    # Load the automodel class
log.verbose()
class MyModel(automodel):
    def special_patches(self, aln):
        # Rename both chains and renumber the residues in each
        self.rename_segments(segment_ids=['X', 'Y'],
                             renumber_residues=[1, 1])
        # Another way to label individual chains:
        self.chains[0].name = 'X'
        self.chains[1].name = 'Y'
    def special_restraints(self, aln):
        rsr = self.restraints
        at = self.atoms
#       Restrain the specified CB-CB distance to 8 angstroms (st. dev.=0.1)
#       Use a harmonic potential and X-Y distance group.
#       Note that because special_patches is called before special_restraints,
#       we must use the relabeled chain IDs and residue numbers here.
        rsr.add(forms.gaussian(group=physical.xy_distance,
                               feature=features.distance(at[CB:40:Y],
                                                                     at['CB:71:Y']),
                               mean=8.0, stdev=0.1))
这个脚本中指明是Y链的两个β碳原子,那两条链之间的距离还是没有说明,是吧?求各位大神指点迷津啊
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stray_16

新虫 (小有名气)

spdbv貌似可以做
2楼2017-04-27 14:01:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stray_16

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

spdbv貌似是可以做的,结合swiss-model
3楼2017-04-27 14:02:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yxqfzc 的主题更新
信息提示
请填处理意见