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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求问各位大神，有没有 快速 批量 比对16S或ITS序列的软件或方法？
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justrightnow

铜虫 (小有名气)

[交流] 求问各位大神，有没有 快速 批量 比对16S或ITS序列的软件或方法？ 已有5人参与

家好，我是做松材线虫病防治方面的，主要在环境中寻找分离该病害相关的微生物，现在用纯培养法分离到了很多微生物，纯化后对它们进行了测序，细菌16S；真菌ITS1和4，
现在要去比对这些序列，目前我用的方法是挨个比对，公司给的测序结果中的seq文件，用记事本打开，然后将内容复制到NCBI——blast中
这样粘贴过去后会有换行，还要挨个删除，好麻烦好浪费时间，，，
求问各位大神，有没有 快速 批量 比对16S或ITS序列的软件或方法？
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一心一意持续镇定关注
1楼 2013-04-25 14:33:31
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wwmei

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
choromas 可以直接打开，或者NCBI直接可以上载
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2楼2013-04-25 19:24:41
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zhanqgao

禁虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
3楼2013-04-26 08:16:32
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
拼接序列进行比对的时候，你可以将所有的拼接序列整理到一起。记得要是fasta格式的。
然后全部拷贝的NCBI比对的那个对话框里，然后进行比对。这样比对出来的就是所有的结果了。只是在比对页面里会是显示一个结果。你需要在那个页面上面选择你的样本名，然后显示另外一个样本的结果。这样就不需要一个个的比对了。但是如果样本太多，速度会比较慢。
另外，一个样本比对的时候，只拷贝序列进去，里面有空格没关系，照样会比对成功的。
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4楼2013-04-26 08:59:27
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)
受教了
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
5楼2013-04-26 13:41:27
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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6楼2013-05-06 11:00:25
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木子勇夏

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiadongliang at 2013-05-06 11:00:25

原来是这样的结果呢，哈哈，我懂了，谢谢哈。 这个问题懂了，其实还想问你个问题呢，不知道你是怎么选择这些序列让他们放在同一个树上呢？我感觉有些建了之后不是很理想啊.
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7楼2013-05-07 08:45:40
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
是你测序获得的序列吗?
如果是，那就是选择分析比对后不一样的序列进行建树。
一样的序列就舍弃只保留一条。
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8楼2013-05-07 11:03:26
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justrightnow

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xiadongliang at 2013-05-07 11:03:26
是你测序获得的序列吗?
如果是，那就是选择分析比对后不一样的序列进行建树。
一样的序列就舍弃只保留一条。

我就是用的这种方法。如果会用生物信息学语言就可以直接编程了，perl就可以处理，可惜不懂，，
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一心一意持续镇定关注
9楼2013-06-24 15:43:51
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justrightnow

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiadongliang at 2013-04-26 08:59:27
拼接序列进行比对的时候，你可以将所有的拼接序列整理到一起。记得要是fasta格式的。
然后全部拷贝的NCBI比对的那个对话框里，然后进行比对。这样比对出来的就是所有的结果了。只是在比对页面里会是显示一个结果。 ...

很实用！多谢多谢！
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一心一意持续镇定关注
10楼2013-06-24 15:46:25
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