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xzz1007

金虫 (小有名气)

[求助] tinker优化的问题

请教tinker大侠们,我使用tinker三个多月,主要是使用minimize优化

而我需要的是限制一些键长键角,做部分优化,我使用的是minimize
1. 在限制优化的时候,是先加限制条件,后优化,还是先优化再限制
2. 如果需要限制键长的话,是使用哪个子程序呢?rattle?shakeup?
3. 我目前是使用rattle,而优化是使用的LBFGS,我的问题是,在LBFGS这个程序中,哪里体现了先前在rattle中的限制呢?对于加限制和没有加限制的原子,并没有区别对待啊?这样所得到的坐标,我认为是全优化的结果啊!!!!
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阳光总在风雨后,再坚持坚持吧.....
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piaoma

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
个人意见:
1. 先加限制条件后优化
2. rattle,shakeup没听说过
3.如果机器允许,应当全优化较好
又:你是做MM还是MD?
2楼2013-04-22 16:31:26
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xzz1007

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by piaoma at 2013-04-22 16:31:26
个人意见:
1. 先加限制条件后优化
2. rattle,shakeup没听说过
3.如果机器允许,应当全优化较好
又:你是做MM还是MD?

首先,十分感谢你的回复!!!

rattle以及shakeup都是tinker里对分子做限制的子程序

我既不是MM也不是MD,我做什么,也不好说,目前只是研究限制优化的,将tinker里的程序变为自己所需要的!

请问,也是用tinker的吗
阳光总在风雨后,再坚持坚持吧.....
3楼2013-04-23 10:30:06
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