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天气就是风景

金虫 (小有名气)

[求助] abinit 计算4H-SiC问题(六角晶系)

我想对4H-SiC(六角晶系)的总能量问题进行计算,但是abinit始终不能启动,出现如下问题:
symbrav.F90:229:BUG
Could not succeed to determine the bravais lattice
problem,iaxis,invariant= 1 1 1
bravais(1)=  3
iholohedry= 1
action : contact ABINIT group.
首先我个人查到了相关的文献支持,abinit官方没有说不支持六角晶系的计算,同样我还查到早在2009年沈阳工业大学的女生已经发表用abinit计算ZnO薄膜的文章和硕士论文。所以我可以肯定的说六角晶系肯定能计算,但就是我找不到我的输入文件到底出现了什么问题,我试过修改xred,但是还是出现同样的问题。不是以前遇到的问题,显示是error,这个只是contact ABINIT group。到底是什么问题,求高人指点。(附输入文件和2009沈阳工业大学硕士论文)
# Crystalline silicon : computation of the total energy

#Definition of the unit cell
acell 2*5.8128  9.5393          # This is equivalent to   10.18 10.18 10.18
angdeg 90 90 120
rprim  0.866025403   0.5  0  
       -0.866025403  0.5  0  
       0.0           0.0  1.0   
#Definition of the atom types
ntypat 2          # There is only one type of atom
znucl 6 14         # The keyword "znucl" refers to the atomic number of the
                  # possible type(s) of atom. The pseudopotential(s)
                  # mentioned in the "files" file must correspond
                  # to the type(s) of atom. Here, the only type is Silicon.
                        

#Definition of the atoms
natom 4           # There are two atoms
typat 1 1 2 2         
xred
   0    0    0
   0.3333 -0.3333  0.25            
   0    0    0.188  
   0.3333 -0.3333  0.438  
#xred 同样可以写为   
   # 1/3  2/3  0  
   #2/3  1/3  0  
   #1/3  2/3  0.385   
   #2/3  1/3  0.885 会出现同样的错误。
   #Definition of the planewave basis set
ecut  20.0         # Maximal kinetic energy cut-off, in Hartree

#Definition of the k-point grid
kptopt 1          # Option for the automatic generation of k points, taking
                  # into account the symmetry
ngkpt 8 8 8       # This is a 2x2x2 grid based on the primitive vectors
nshiftk 1         # of the reciprocal space (that form a BCC lattice !),
                  # repeated four times, with different shifts :
shiftk 0.0 0.0 0.5
                  # In cartesian coordinates, this grid is simple cubic, and
                  # actually corresponds to the
                  # so-called 4x4x4 Monkhorst-Pack grid



#Definition of the SCF procedure
nstep 10          # Maximal number of SCF cycles
toldfe 1.0d-6     # Will stop when, twice in a row, the difference
                  # between two consecutive evaluations of total energy
                  # differ by less than toldfe (in Hartree)
                  # This value is way too large for most realistic studies of materials
diemac 12.0       # Although this is not mandatory, it is worth to
                  # precondition the SCF cycle. The model dielectric
                  # function used as the standard preconditioner
                  # is described in the "dielng" input variable section.
                  # Here, we follow the prescription for bulk silicon.
# add to conserve old < 6.7.2 behavior for calculating forces at each SCF step
optforces 1
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  • 附件 1 : ZnO薄膜光学性质及其第一原理计算研究.caa
  • 2013-04-18 14:08:45, 376 bytes

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天气就是风景

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 天气就是风景 at 2013-04-19 10:01:52
谢谢,我试过了,楼上应该是个大牛。确实是我rprim和angdeg设置的问题,有点重复,我又仔细读了下手册,确实是我的失误,谢谢哈

如果有兴趣的话,可否与你交个朋友。
我留下QQ号:373532684...

感谢你的建议,我看到有MS建立abinit输入文件的文章,所以我用这个方法做的,所以能否给看下正确与否。
xred
0.00000   0.00000   0.18800  
0.00000   0.00000   0.00000  
0.66667   0.33333   0.43900   
0.66667   0.33333   0.25080

参考文件是MS导出的cif文件

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  • 附件 1 : SiC(2).c
  • 2013-04-19 10:51:34, 1.65 K
9楼2013-04-19 10:51:44
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WDD880227

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-04-22 21:06:44
天气就是风景: 金币+1, 有帮助, 挺好的 2013-05-02 21:52:11
刚接触abinit,我觉得你的rprim  可能设置的有问题~~
smiling&amp;fighting...
2楼2013-04-18 16:23:28
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天气就是风景

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by WDD880227 at 2013-04-18 16:23:28
刚接触abinit,我觉得你的rprim  可能设置的有问题~~

abinit  对rprim的定义很明确,是这样的。
Alternatively to rprim, directions of dimensionless primitive vectors can be specified by using the input variable angdeg. This is especially useful for hexagonal lattices (with 120 or 60 degrees angles). Indeed, in order for symmetries to be recognized, rprim must be symmetric up to tolsym (10 digits by default), inducing a specification such as

rprim  0.86602540378  0.5  0.0
      -0.86602540378  0.5  0.0
       0.0            0.0  1.0
that can be avoided thanks to angdeg:
angdeg 90 90 120
所以我觉得应该没问题,具体参考
http://www.abinit.org/documentat ... s/varbas.html#rprim
3楼2013-04-18 16:42:14
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DFPT

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-04-22 21:06:51
天气就是风景: 金币+1, ★★★很有帮助, 楼主大牛 2013-05-02 21:53:02
引用回帖:
2楼: Originally posted by WDD880227 at 2013-04-18 16:23:28
刚接触abinit,我觉得你的rprim  可能设置的有问题~~

首先有了angdeg就不需要rprim,LZ明显画蛇添足。
其次,版主太含蓄了,这不是rprim有问题,是明显不对,a和b成了方向完全相反的两个向量了,这显然不是晶体啊……
010-8393-9164
4楼2013-04-18 21:09:34
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