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abinit 计算4H-SiC问题（六角晶系）
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我想对4H-SiC(六角晶系)的总能量问题进行计算，但是abinit始终不能启动，出现如下问题： symbrav.F90:229:BUG Could not succeed to determine the bravais lattice problem,iaxis,invariant= 1 1 1 bravais(1)= 3 iholohedry= 1 action : contact ABINIT group. 首先我个人查到了相关的文献支持，abinit官方没有说不支持六角晶系的计算，同样我还查到早在2009年沈阳工业大学的女生已经发表用abinit计算ZnO薄膜的文章和硕士论文。所以我可以肯定的说六角晶系肯定能计算，但就是我找不到我的输入文件到底出现了什么问题，我试过修改xred，但是还是出现同样的问题。不是以前遇到的问题，显示是error，这个只是contact ABINIT group。到底是什么问题，求高人指点。（附输入文件和2009沈阳工业大学硕士论文） # Crystalline silicon : computation of the total energy #Definition of the unit cell acell 2*5.8128 9.5393 # This is equivalent to 10.18 10.18 10.18 angdeg 90 90 120 rprim 0.866025403 0.5 0 -0.866025403 0.5 0 0.0 0.0 1.0 #Definition of the atom types ntypat 2 # There is only one type of atom znucl 6 14 # The keyword "znucl" refers to the atomic number of the # possible type(s) of atom. The pseudopotential(s) # mentioned in the "files" file must correspond # to the type(s) of atom. Here, the only type is Silicon. #Definition of the atoms natom 4 # There are two atoms typat 1 1 2 2 xred 0 0 0 0.3333 -0.3333 0.25 0 0 0.188 0.3333 -0.3333 0.438 #xred 同样可以写为 # 1/3 2/3 0 #2/3 1/3 0 #1/3 2/3 0.385 #2/3 1/3 0.885 会出现同样的错误。 #Definition of the planewave basis set ecut 20.0 # Maximal kinetic energy cut-off, in Hartree #Definition of the k-point grid kptopt 1 # Option for the automatic generation of k points, taking # into account the symmetry ngkpt 8 8 8 # This is a 2x2x2 grid based on the primitive vectors nshiftk 1 # of the reciprocal space (that form a BCC lattice !), # repeated four times, with different shifts : shiftk 0.0 0.0 0.5 # In cartesian coordinates, this grid is simple cubic, and # actually corresponds to the # so-called 4x4x4 Monkhorst-Pack grid #Definition of the SCF procedure nstep 10 # Maximal number of SCF cycles toldfe 1.0d-6 # Will stop when, twice in a row, the difference # between two consecutive evaluations of total energy # differ by less than toldfe (in Hartree) # This value is way too large for most realistic studies of materials diemac 12.0 # Although this is not mandatory, it is worth to # precondition the SCF cycle. The model dielectric # function used as the standard preconditioner # is described in the "dielng" input variable section. # Here, we follow the prescription for bulk silicon. # add to conserve old < 6.7.2 behavior for calculating forces at each SCF step optforces 1 |
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2013-04-18 14:08:45, 376 bytes
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2楼2013-04-18 16:23:28
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abinit 对rprim的定义很明确，是这样的。 Alternatively to rprim, directions of dimensionless primitive vectors can be specified by using the input variable angdeg. This is especially useful for hexagonal lattices (with 120 or 60 degrees angles). Indeed, in order for symmetries to be recognized, rprim must be symmetric up to tolsym (10 digits by default), inducing a specification such as rprim 0.86602540378 0.5 0.0 -0.86602540378 0.5 0.0 0.0 0.0 1.0 that can be avoided thanks to angdeg: angdeg 90 90 120 所以我觉得应该没问题，具体参考 http://www.abinit.org/documentat ... s/varbas.html#rprim |
3楼2013-04-18 16:42:14
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这段话的意思是rprim默认需要写10位小数。LZ抄的时候只抄了8位，就出错了。要用rpim的话就要严格按照手册的来。 同时楼上已经指出了，rprim和angdeg是重复的，设一个就可以了。 另外我不知道这个晶体应该长什么样，但感觉xred也是错的，很明显这样写的xred有z方向总是有0.5c的范围内有4个原子，另外0.5c没有原子，SiC不应该具有这种分离的层状结构，可能是另一半对称的在来源中没有标明。 |
5楼2013-04-18 22:03:00
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6楼2013-04-19 10:01:52
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结构如图所示，想请你帮我看看，是什么问题。 我是按照abinit里面的例子设置的，可能会有问题的，前面的rprim和angdeg问题已经解决了，这个确实是我设置的问题，重复了。 还有这两个xred设置 xred 0 0 0 0.3333 -0.3333 0.25 0 0 0.188 0.3333 -0.3333 0.438 #xred 同样可以写为 # 1/3 2/3 0 #2/3 1/3 0 #1/3 2/3 0.385 #2/3 1/3 0.885 会出现同样的错误。 哪个对，应该是怎么样设置呢，目前我还是不大懂，求指教。  Unnamed QQ Screenshot20130419095913.jpg |
7楼2013-04-19 10:05:21
8楼2013-04-19 10:45:54
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感谢你的建议，我看到有MS建立abinit输入文件的文章，所以我用这个方法做的，所以能否给看下正确与否。 xred 0.00000 0.00000 0.18800 0.00000 0.00000 0.00000 0.66667 0.33333 0.43900 0.66667 0.33333 0.25080 参考文件是MS导出的cif文件 |
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9楼2013-04-19 10:51:44
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感谢你的建议，我看到有MS建立abinit输入文件的文章，所以我用这个方法做的，所以能否给看下正确与否。是不是这样的话是否有错误呢，我个人经验不足，看不大出来。 xred 0.00000 0.00000 0.18800 0.00000 0.00000 0.00000 0.66667 0.33333 0.43900 0.66667 0.33333 0.25080 参考文件是MS导出的cif文件 |
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