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gaussian halt optimization without error message in out file
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when I use gaussian 03 to do optimization ,why it always halt without any error hint in the out file? my system is a complex with a ligand and its part of active pocket in the protein This is my out file: thanks input file :.com output file:.out mol2 file:.mol2 |
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2013-04-16 12:49:41, 168.97 K
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again891106
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2楼2013-04-16 13:11:56
3楼2013-04-16 20:10:19
4楼2013-04-16 23:23:54
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我的体系是一个配体及其附近蛋白质活性口袋的一部分 而 合并而成的一个分子 我再详细的说一下我作此优化的背景： 因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模 做对接前小分子需要经过一系列前处理 我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子 在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？ 因此，我为了验证这个问题，采取以下方法： 1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize 系统搜寻 从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象， 加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适 |
5楼2013-04-16 23:37:39
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我再详细的说一下我作此优化的背景： 因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模 做对接前小分子需要经过一系列前处理 我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子 在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？ 因此，我为了验证这个问题，采取以下方法： 1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize 系统搜寻 从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象， 加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适 |
6楼2013-04-16 23:37:58
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我再详细的说一下我作此优化的背景： 因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模 做对接前小分子需要经过一系列前处理 我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子 在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？ 因此，我为了验证这个问题，采取以下方法： 1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize 系统搜寻 从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象， 加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适 |
7楼2013-04-16 23:38:08
8楼2013-04-16 23:38:38
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