| 查看: 2009 | 回复: 11 | |||||
[求助]
gaussian halt optimization without error message in out file
|
|
when I use gaussian 03 to do optimization ,why it always halt without any error hint in the out file? my system is a complex with a ligand and its part of active pocket in the protein This is my out file: thanks input file :.com output file:.out mol2 file:.mol2 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 2ETM.out
- 附件 2 : 2ETM.com
- 附件 3 : 2ETM.mol2
2013-04-16 12:49:41, 168.97 K
2013-04-16 12:49:42, 17.18 K
2013-04-16 12:49:43, 28.33 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 过渡态计算 | sybyl | 酶的资料 |
» 猜你喜欢
诚邀有志之士加入江苏大学环境学院合成生物学课题组！(长期接收学硕专硕、硕博连读)
已经有16人回复
-
一志愿南大理论与计算化学方向（070300）342分，求调剂
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有186人回复
-
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询
已经有0人回复
-
哈尔滨工业大学（深圳）绿色化学团队招收2026年秋季入学博士生
已经有11人回复
-
澳大利亚昆士兰科技大学PhD博士奖学金
已经有0人回复
-
【211博士招生】环境化学、地学、毒理方向，擅长污染物迁移转化降解、计算模拟者优先
已经有16人回复
-
求助如何利用vasp计算磁光克尔效应
已经有1人回复
-
070300总分298求调剂
已经有1人回复
-
一志愿厦门大学化学学硕307求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gaussian error # 2066
已经有4人回复
again891106
木虫 (著名写手)
苦行僧
- 应助: 185 (高中生)
- 金币: 1520.2
- 散金: 40
- 红花: 5
- 帖子: 1203
- 在线: 227.2小时
- 虫号: 1966477
- 注册: 2012-08-31
- 性别: GG
- 专业: 无机纳米化学
2楼2013-04-16 13:11:56
3楼2013-04-16 20:10:19
4楼2013-04-16 23:23:54
|
我的体系是一个配体及其附近蛋白质活性口袋的一部分 而 合并而成的一个分子 我再详细的说一下我作此优化的背景： 因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模 做对接前小分子需要经过一系列前处理 我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子 在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？ 因此，我为了验证这个问题，采取以下方法： 1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize 系统搜寻 从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象， 加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适 |
5楼2013-04-16 23:37:39
|
我再详细的说一下我作此优化的背景： 因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模 做对接前小分子需要经过一系列前处理 我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子 在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？ 因此，我为了验证这个问题，采取以下方法： 1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize 系统搜寻 从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象， 加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适 |
6楼2013-04-16 23:37:58
|
我再详细的说一下我作此优化的背景： 因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模 做对接前小分子需要经过一系列前处理 我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子 在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？ 因此，我为了验证这个问题，采取以下方法： 1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize 系统搜寻 从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象， 加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适 |
7楼2013-04-16 23:38:08
8楼2013-04-16 23:38:38
9楼2013-04-16 23:39:38
10楼2013-04-16 23:39:44
