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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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szhshuan

银虫 (正式写手)

[求助] gaussian halt optimization without error message in out file

when I use gaussian 03 to do optimization ,why it always halt without any error hint in the out file?
my system is a complex with a ligand and its part of active pocket in the protein
This is my out file: thanks

input file :.com
output file:.out
mol2 file:.mol2
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1楼 2013-04-16 12:49:49
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szhshuan

银虫 (正式写手)
我的体系是一个配体及其附近蛋白质活性口袋的一部分 而 合并而成的一个分子
我再详细的说一下我作此优化的背景：
因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模
做对接前小分子需要经过一系列前处理
我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子
在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？
因此，我为了验证这个问题，采取以下方法：
1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize  系统搜寻 从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象， 加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值
来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适
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5楼2013-04-16 23:37:39
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again891106

木虫 (著名写手)

苦行僧

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
puzzle..................
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青春是一场无知的奔忙，总会留下颠沛流离的伤
2楼2013-04-16 13:11:56
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marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2013-04-16 20:48:06
加上scfcyc=1000，然后尝试加大内存，让%mem再大一点，如果要设置机时的话设置时间长一些，从以上三个因素解决~
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思想有多远，我们就能走多远~
3楼2013-04-16 20:10:19
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szhshuan

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by marson at 2013-04-16 20:10:19
加上scfcyc=1000，然后尝试加大内存，让%mem再大一点，如果要设置机时的话设置时间长一些，从以上三个因素解决~

scfcyc在Gaussian 03上是废弃的关键字，等价的关键字是SCF(MaxCyc=n) ，此处我已设成了50000，那么%mem设多少较为合适呢
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4楼2013-04-16 23:23:54
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