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szhshuan

银虫 (正式写手)

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性别: GG
专业: 有机合成

[求助] gaussian halt optimization without error message in out file

when I use gaussian 03 to do optimization ,why it always halt without any error hint in the out file?
my system is a complex with a ligand and its part of active pocket in the protein
This is my out file: thanks

input file :.com
output file:.out
mol2 file:.mol2

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附件 1 : 2ETM.out

2013-04-16 12:49:41, 168.97 K

附件 2 : 2ETM.com

2013-04-16 12:49:42, 17.18 K

附件 3 : 2ETM.mol2

2013-04-16 12:49:43, 28.33 K

1楼2013-04-16 12:49:49

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szhshuan

银虫 (正式写手)

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我的体系是一个配体及其附近蛋白质活性口袋的一部分而合并而成的一个分子
我再详细的说一下我作此优化的背景：
因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模
做对接前小分子需要经过一系列前处理
我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子
在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？
因此，我为了验证这个问题，采取以下方法：
1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize 系统搜寻从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化，得到一个能量值
来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适