应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian halt optimization without error message in out file
51/1返回列表
查看: 2265  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

szhshuan

银虫 (正式写手)

[求助] gaussian halt optimization without error message in out file

when I use gaussian 03 to do optimization ,why it always halt without any error hint in the out file?
my system is a complex with a ligand and its part of active pocket in the protein
This is my out file: thanks

input file :.com
output file:.out
mol2 file:.mol2
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 2ETM.out
    • 2013-04-16 12:49:41, 168.97 K
  • 附件 2 : 2ETM.com
    • 2013-04-16 12:49:42, 17.18 K
  • 附件 3 : 2ETM.mol2
    • 2013-04-16 12:49:43, 28.33 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

过渡态计算 sybyl 酶的资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-16 12:49:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

szhshuan

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by again891106 at 2013-04-16 13:11:56
puzzle..................

我再详细的说一下我作此优化的背景：
因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模
做对接前小分子需要经过一系列前处理
我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子
在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？
因此，我为了验证这个问题，采取以下方法：
1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize  系统搜寻 从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象， 加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值
来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适
赞一下 回复此楼
7楼2013-04-16 23:38:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

again891106

木虫 (著名写手)

苦行僧

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
puzzle..................
赞一下 回复此楼
青春是一场无知的奔忙，总会留下颠沛流离的伤
2楼2013-04-16 13:11:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2013-04-16 20:48:06
加上scfcyc=1000，然后尝试加大内存，让%mem再大一点，如果要设置机时的话设置时间长一些，从以上三个因素解决~
赞一下 回复此楼
思想有多远，我们就能走多远~
3楼2013-04-16 20:10:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

szhshuan

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by marson at 2013-04-16 20:10:19
加上scfcyc=1000，然后尝试加大内存，让%mem再大一点，如果要设置机时的话设置时间长一些，从以上三个因素解决~

scfcyc在Gaussian 03上是废弃的关键字，等价的关键字是SCF(MaxCyc=n) ，此处我已设成了50000，那么%mem设多少较为合适呢
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-16 23:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+3 winsaint 2026-08-27 6/300 2026-08-28 01:46 by alongwaytogo
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +9 Kittylucky 2026-08-27 9/450 2026-08-28 01:08 by jurkat.1640
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 XLGfUIdOmEAO 2026-08-27 4/200 2026-08-27 22:26 by 3RAFyYXYSwGS
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 04:33 by Ie9AyIAvGbvs
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭