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szhshuan

银虫 (正式写手)

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[求助] gaussian halt optimization without error message in out file

when I use gaussian 03 to do optimization ,why it always halt without any error hint in the out file?
my system is a complex with a ligand and its part of active pocket in the protein
This is my out file: thanks

input file :.com
output file:.out
mol2 file:.mol2

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附件 1 : 2ETM.out

2013-04-16 12:49:41, 168.97 K

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2013-04-16 12:49:42, 17.18 K

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2013-04-16 12:49:43, 28.33 K

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Gaussian error # 2066 已经有4人回复

1楼2013-04-16 12:49:49

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szhshuan

银虫 (正式写手)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by again891106 at 2013-04-16 13:11:56
puzzle..................

我再详细的说一下我作此优化的背景：
因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模
做对接前小分子需要经过一系列前处理
我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子
在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？
因此，我为了验证这个问题，采取以下方法：
1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize 系统搜寻从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化，得到一个能量值
来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适