| 查看: 1442 | 回复: 11 | |||||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者szhshuan将赠送您 10 个金币 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
[求助]
gaussian halt optimization without error message in out file
|
|||||
|
when I use gaussian 03 to do optimization ,why it always halt without any error hint in the out file? my system is a complex with a ligand and its part of active pocket in the protein This is my out file: thanks input file :.com output file:.out mol2 file:.mol2 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：libolin3@tal.com - 附件 1 : 2ETM.out
- 附件 2 : 2ETM.com
- 附件 3 : 2ETM.mol2
2013-04-16 12:49:41, 168.97 K
2013-04-16 12:49:42, 17.18 K
2013-04-16 12:49:43, 28.33 K
» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 过渡态计算 | sybyl | 酶的资料 |
» 猜你喜欢
清华大学未来实验室 实习生招募
已经有2人回复
-
染料消光系数
已经有2人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有118人回复
-
络合
已经有2人回复
-
锂离子电池电解液电化学窗口怎么测定？
已经有0人回复
-
氨基酸会被紫外杀菌灯破坏结构吗？具体是甘氨酸和蛋氨酸
已经有0人回复
-
上海交大工业催化方向高薪招聘博士后研究员
已经有18人回复
-
上海交大储能方向高薪招聘博士后研究员
已经有17人回复
-
中国科学院动物研究所诚聘助理研究员,博士后和科研助理
已经有0人回复
-
祈福博后基金
已经有59人回复
-
年龄42岁，想读博怎么办？大家有什么好的建议？是不是很难了
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
|
我再详细的说一下我作此优化的背景： 因为我想做以分子对接（受体）为基础的3D-QSAR建模 做对接前小分子需要经过一系列前处理 我先是从蛋白质复合物中抠出配体分子，然后以此分子为模板构建引用的文献中其他类似结构的分子 在sybyl上搭建好这些分子后，我想知道到底是直接minimize后的构象直接用于autodock分子对接好，还是先minimize再系统搜寻，每个分子从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接好呢？ 因此，我为了验证这个问题，采取以下方法： 1 拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 2拿从上述晶体复合物中直接抠出的配体分子，经minimize 系统搜寻 从中选取前20个能量最低的构象分别进行高斯优化，得到每个分子能量最低的构象后，再进行autodock分子对接后得到的该分子构象， 加其附近的一部分蛋白质活性口袋做为一个分子，来用高斯软件进行优化 ，得到一个能量值 来比较这两个分子能量的高低，从而判断到底哪种构象用于分子对接较为合适 |
6楼2013-04-16 23:37:58
again891106
木虫 (著名写手)
苦行僧
- 应助: 185 (高中生)
- 金币: 1540.2
- 散金: 40
- 红花: 5
- 帖子: 1202
- 在线: 227.2小时
- 虫号: 1966477
- 注册: 2012-08-31
- 性别: GG
- 专业: 无机纳米化学
2楼2013-04-16 13:11:56
3楼2013-04-16 20:10:19
4楼2013-04-16 23:23:54
5