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xslhd0808

金虫 (小有名气)

[求助] 甲烷的pgn怎么写

哪位大神知道甲烷的pgn怎么写啊?我现在想调用pgn生成PSF,手里只有蛋白质的pgn,
package require psfgen
topology top_all36_cgenff.rtf
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment U {pdb 11.pdb}
coordpdb 11.pdb U
guesscoord
writepdb 12.pdb
writepsf 12.psf
但是我觉得pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment U {pdb 11.pdb}
这三行需要改,但是不知道怎么改啊,直接删了的话不行吧。。。。
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xslhd0808

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by uestcat at 2013-04-14 14:44:43
路过,帮顶~

3楼2013-04-14 14:51:05
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liudoudou88

新虫 (初入文坛)

这个问题我也遇到了,有没有人知道啊?好想知道。。。。
4楼2013-04-14 17:22:03
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

请问楼主,这个问题解决了吗?用cgenff如何生成蛋白以外的分子的psf文件?
5楼2015-12-22 09:51:59
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