应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 甲烷的pgn怎么写
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 527  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xslhd0808

金虫 (小有名气)

[求助] 甲烷的pgn怎么写

哪位大神知道甲烷的pgn怎么写啊？我现在想调用pgn生成PSF，手里只有蛋白质的pgn，
package require psfgen
topology top_all36_cgenff.rtf
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment U {pdb 11.pdb}
coordpdb 11.pdb U
guesscoord
writepdb 12.pdb
writepsf 12.psf
但是我觉得pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment U {pdb 11.pdb}
这三行需要改，但是不知道怎么改啊，直接删了的话不行吧。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢
...一起讨论，共同提高...
1楼 2013-04-14 11:05:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

uestcat

木虫 (小有名气)
路过，帮顶~
回复此楼
Protonconductingceramicelectrolyteforlowtemperaturesolidoxidefuelcells
2楼2013-04-14 14:44:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xslhd0808

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by uestcat at 2013-04-14 14:44:43
路过，帮顶~

3楼2013-04-14 14:51:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liudoudou88

新虫 (初入文坛)
这个问题我也遇到了，有没有人知道啊?好想知道。。。。
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-14 17:22:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
请问楼主，这个问题解决了吗？用cgenff如何生成蛋白以外的分子的psf文件？
赞一下 回复此楼
5楼2015-12-22 09:51:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xslhd0808 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 学硕274求调剂 +12 Li李鱼 2026-03-26 12/600 2026-03-31 03:56 by fmesaito
[考研] 求调剂 +3 图鉴212 2026-03-30 3/150 2026-03-31 00:31 by jp9609
[考研] 理学07化学 303求调剂 +4 睿08 2026-03-27 4/200 2026-03-30 23:29 by yujianx
[考研] 抱歉 +4 田洪有 2026-03-30 4/200 2026-03-30 21:26 by mumin1990
[考研] 一志愿中海洋材料357 +3 麦恩莉. 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:01 by chixmc
[考研] 346求调剂 一志愿070303有机化学 +7 萝卜炖青菜 2026-03-28 8/400 2026-03-30 19:59 by 无际的草原
[考研] 322求调剂：一志愿湖南大学 材料与化工（085600），已过六级。 +9 XX小邓 2026-03-29 9/450 2026-03-30 17:18 by limeifeng
[考研] 085701求调剂初试286分 +5 secret0328 2026-03-28 5/250 2026-03-30 12:54 by fangnagu
[考研] 一志愿211，335分，0856，求调剂院校和导师 +7 倾____萧 2026-03-27 8/400 2026-03-30 09:37 by longlotian
[考研] 290求调剂 +3 dfffsar 2026-03-29 3/150 2026-03-29 22:38 by 毛毛毛阿莫2
[考研] 085600，专业课化工原理，321分求调剂 +5 大馋小子 2026-03-28 5/250 2026-03-29 08:56 by qingfeng258
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分，求调剂 +5 0857求调剂. 2026-03-24 6/300 2026-03-28 22:04 by zhq0425
[考研] 一志愿华理，数一英一285求A区调剂 +8 AZMK 2026-03-25 12/600 2026-03-28 18:15 by AZMK
[考研] 一志愿厦门大学化学学硕307求调剂 +10 y7czhao 2026-03-26 10/500 2026-03-28 14:23 by 唐沐儿
[考研] 考研调剂 +10 呼呼？~+123456 2026-03-24 10/500 2026-03-27 11:46 by wangjy2002
[考研] 315调剂 +4 0860求调剂 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:23 by wangjy2002
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 中国科学院深圳先进技术研究院-光纤传感课题组招生-中国科学院大学、深圳理工大学联培 +5 YangTyu1 2026-03-26 5/250 2026-03-26 18:27 by 猫咪猫咪呀
[考研] 考研一志愿苏州大学初始315（英一）求调剂 +3 sbdksD 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:16 by xcjcqu
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭