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贤愚Libra

银虫 (正式写手)

[交流] 分离根际促生菌、菌株鉴定、聚类分析

问题1.分离根际土壤促生菌设置条件为黑暗中培养3天，这种条件是依据什么设置的？
2.如附件word及图示，聚类分析，该文章表述它有三个分支，但它的分析似乎又只有两个分支，这个聚类图怎么分析啊？
3.仅用blast比对16s，能确定它是什么菌吗？如附件PDF该文章依据其16s相似99%而说这个菌是蜡样芽孢杆菌，这样能行吗？
图片2.png
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1楼 2013-04-14 10:02:37
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)
★
贤愚Libra(金币+2): 谢谢参与
植物根际促生细菌(PGPR)分离筛选与鉴定http://wenku.baidu.com/view/c360b41c14791711cc791779.html
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5楼2013-04-14 11:03:23
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zrg1989

铜虫 (小有名气)
★
贤愚Libra(金币+2): 谢谢参与
3.仅用blast比对16s，能确定它是什么菌吗？如附件PDF该文章依据其16s相似99%而说这个菌是蜡样芽孢杆菌，这样能行吗？
绝对不行，因为蜡样芽胞杆菌、炭疽芽胞杆菌、苏云金芽孢杆菌是无法用16s区分的，除非再加上生理生化特征。另外，仅用blast比对16s一般能100%确定到属，但不能100%确定到种。你看的文章可能不严谨
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13楼2013-04-14 13:04:14
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z-zhuang

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
生理生化麻烦浪费时间，而且没什么说服力。可以先跟blast的几个吻合度较好的菌株做进化树，关系比较近的菌株可以做杂交和GC比，三方数据可以确定到种
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17楼2013-04-15 09:37:03
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假大空

木虫之王 (文学泰斗)
★
贤愚Libra(金币+2): 谢谢参与
????
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4楼2013-04-14 10:52:56
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xiedt

金虫 (著名写手)
★
贤愚Libra(金币+2): 谢谢参与
祝福，祝福，顶起来，抢顶楼！
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14楼2013-04-14 13:29:41
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rayn27

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般做法就是16S加上生理生化，如果大多生化没时间可用脂肪酸和极性脂、GC确定啊。。。
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19楼2013-04-17 16:15:07
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easterntri2楼
2013-04-14 10:40   回复  
贤愚Libra(金币+2): 谢谢参与
yaoyao1453楼
2013-04-14 10:49   回复  
贤愚Libra(金币+2): 谢谢参与
3808467766楼
2013-04-14 11:04   回复  
贤愚Libra(金币+2): 谢谢参与
[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
dspwind7楼
2013-04-14 11:11   回复  
贤愚Libra(金币+2): 谢谢参与
zxttmmm8楼
2013-04-14 11:22   回复  
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clarktao9楼
2013-04-14 11:31   回复  
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huanjiechen10楼
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_小小鸟12楼
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fyz723215楼
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hnzhaolongfei16楼
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kkunny18楼
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