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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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风吹雪下

金虫 (小有名气)

[求助] 季铵盐的优化

我采用的DMAEMA合成的季铵盐,那么各位指导一下,在建立了带一个N原子带一个正电荷的季铵盐分子以后,怎么优化才能保证电荷的正确分布,如果把季铵盐做成聚合物又怎么优化呢?
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风吹雪下

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-20 01:37:15
我说的原子类型和手动改formal charge跟你后面算电势分布的力场或者方法都没有关系。首先你得确保原子类型和电荷数的正确。
比如sybyl里面,你可以查看total charge,确保整个分子是+1价,不是的话可能是季铵的N有 ...

哦  那按照你的方法后面直接用Forcite   几何优化就行了,在优化过程中分子的电荷分布不会发生变化吧?
6楼2013-04-22 20:23:45
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-12 08:12:40
首先要定义好带正电荷N的原子类型,然后改formal charge为+1,再用相关charge模型计算电荷分布。
比如在sybyl里面,季铵的N的原子类型应为N4, 然后加formal charge=+1, 接着计算电荷分布就可以了。
2楼2013-04-12 02:35:11
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风吹雪下

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-12 02:35:11
首先要定义好带正电荷N的原子类型,然后改formal charge为+1,再用相关charge模型计算电荷分布。
比如在sybyl里面,季铵的N的原子类型应为N4, 然后加formal charge=+1, 接着计算电荷分布就可以了。

具体采用的是哪个模块呢,我的体系可能比较大,我的操作时这样的:前面建立分子的时候是+1价,采用的是forcite模块优化的 立场选用的是COPASS  但是他默认的charge选的是forcitefield assigned   我选的是current  不知道对不对?你说的电荷模型我不太懂。。新手哇
3楼2013-04-13 11:08:38
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 风吹雪下 at 2013-04-13 11:08:38
具体采用的是哪个模块呢,我的体系可能比较大,我的操作时这样的:前面建立分子的时候是+1价,采用的是forcite模块优化的 立场选用的是COPASS  但是他默认的charge选的是forcitefield assigned   我选的是current  ...

我说的原子类型和手动改formal charge跟你后面算电势分布的力场或者方法都没有关系。首先你得确保原子类型和电荷数的正确。
比如sybyl里面,你可以查看total charge,确保整个分子是+1价,不是的话可能是季铵的N有问题,查看一下原子类型,看对不对,不对改过来,再把N的formal charge改成+1。
至于之后你用什么力场算电势,都无所谓了,看你自己有没有需要跟别的软件对应上,没特殊要求的话默认都无所谓了。
4楼2013-04-20 01:37:15
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