应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 季铵盐的优化
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 1541  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

风吹雪下

金虫 (小有名气)

[求助] 季铵盐的优化

我采用的DMAEMA合成的季铵盐,那么各位指导一下，在建立了带一个N原子带一个正电荷的季铵盐分子以后，怎么优化才能保证电荷的正确分布，如果把季铵盐做成聚合物又怎么优化呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-11 10:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-12 08:12:40
首先要定义好带正电荷N的原子类型，然后改formal charge为+1，再用相关charge模型计算电荷分布。
比如在sybyl里面，季铵的N的原子类型应为N4, 然后加formal charge=+1， 接着计算电荷分布就可以了。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-12 02:35:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风吹雪下

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-12 02:35:11
首先要定义好带正电荷N的原子类型，然后改formal charge为+1，再用相关charge模型计算电荷分布。
比如在sybyl里面，季铵的N的原子类型应为N4, 然后加formal charge=+1， 接着计算电荷分布就可以了。

具体采用的是哪个模块呢，我的体系可能比较大，我的操作时这样的：前面建立分子的时候是+1价，采用的是forcite模块优化的 立场选用的是COPASS  但是他默认的charge选的是forcitefield assigned   我选的是current  不知道对不对？你说的电荷模型我不太懂。。新手哇
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-13 11:08:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 风吹雪下 at 2013-04-13 11:08:38
具体采用的是哪个模块呢，我的体系可能比较大，我的操作时这样的：前面建立分子的时候是+1价，采用的是forcite模块优化的 立场选用的是COPASS  但是他默认的charge选的是forcitefield assigned   我选的是current  ...

我说的原子类型和手动改formal charge跟你后面算电势分布的力场或者方法都没有关系。首先你得确保原子类型和电荷数的正确。
比如sybyl里面，你可以查看total charge,确保整个分子是+1价，不是的话可能是季铵的N有问题，查看一下原子类型，看对不对，不对改过来，再把N的formal charge改成+1。
至于之后你用什么力场算电势，都无所谓了，看你自己有没有需要跟别的软件对应上，没特殊要求的话默认都无所谓了。
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-20 01:37:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风雨无情8581

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-20 01:37:15
我说的原子类型和手动改formal charge跟你后面算电势分布的力场或者方法都没有关系。首先你得确保原子类型和电荷数的正确。
比如sybyl里面，你可以查看total charge,确保整个分子是+1价，不是的话可能是季铵的N有 ...

想问您一下，模型建立好的时候就必须赋予电荷和给每个原子分配力场吗，必须我用分子动力学模拟蒙脱石，但是我一直不知道我的电荷参数和LJ参数怎么去用，纠结2月了，求姐姐给予我一点指导

参数.png
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-20 11:01:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风吹雪下

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-20 01:37:15
我说的原子类型和手动改formal charge跟你后面算电势分布的力场或者方法都没有关系。首先你得确保原子类型和电荷数的正确。
比如sybyl里面，你可以查看total charge,确保整个分子是+1价，不是的话可能是季铵的N有 ...

哦  那按照你的方法后面直接用Forcite   几何优化就行了，在优化过程中分子的电荷分布不会发生变化吧？
赞一下 回复此楼
6楼2013-04-22 20:23:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-20 11:01:02
想问您一下，模型建立好的时候就必须赋予电荷和给每个原子分配力场吗，必须我用分子动力学模拟蒙脱石，但是我一直不知道我的电荷参数和LJ参数怎么去用，纠结2月了，求姐姐给予我一点指导

参数.png
...

我想自己建的模型结构的话，只可能自己检查修改好原子类型，键类型和formal charge的正确性，然后每个原子上的电荷分布根据你自己用的力场，具体参数什么的就不一样了，这个就不是你赋予的了，是用力场方法算出来的。当然如果你这里不知道文献用的方法，但是想用文献中一模一样的电荷分布，就自己在相应的计算输入文件里改。比如AMBER的话就是修改mol2文件，然后生成.lib和frcmod文件，就可以用自己定义的电荷参数了。
对于完全量子模拟的软件，我就不太清楚具体的修改操作了。希望有帮助。
赞一下 回复此楼
7楼2013-04-23 05:20:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 风吹雪下 at 2013-04-22 20:23:45
哦  那按照你的方法后面直接用Forcite   几何优化就行了，在优化过程中分子的电荷分布不会发生变化吧？...

是的。
需要提醒一下如果楼主后续做分子动力学模拟的话，MS或者DS或者SYBYL里面的电荷计算都是不够精细的，虽然很快，但是很粗糙，我觉得顶多用来做对接。
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-23 05:24:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风雨无情8581

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-23 05:20:56
我想自己建的模型结构的话，只可能自己检查修改好原子类型，键类型和formal charge的正确性，然后每个原子上的电荷分布根据你自己用的力场，具体参数什么的就不一样了，这个就不是你赋予的了，是用力场方法算出来的 ...

请问formalcharge怎么得到，是实际的电荷还是原子的化合价？？？？必须我的si原子查文献 电荷是1.2000，这个数值是输入到charge一栏还是formolcharge一栏？？？？？
赞一下 回复此楼
9楼2013-04-23 08:40:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-23 08:40:13
请问formalcharge怎么得到，是实际的电荷还是原子的化合价？？？？必须我的si原子查文献 电荷是1.2000，这个数值是输入到charge一栏还是formolcharge一栏？？？？？...

charge,这个是电荷分布值。formal charge只可能是整数。
赞一下 回复此楼
10楼2013-04-24 02:51:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 风吹雪下 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 070305高分子化学与物理 304分求调剂 +7 c297914 2026-03-28 7/350 2026-03-29 01:17 by 544594351
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +8 谷雨上岸 2026-03-23 9/450 2026-03-29 01:00 by 我是小康
[考研] 一志愿武汉理工，总分321，英一数二，求老师收留。 +7 nnnnnnn5 2026-03-25 7/350 2026-03-29 00:32 by 我是小康
[考研] 283求调剂 +3 A child 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:41 by ms629
[考研] 394求调剂 +3 好事多磨静候佳� 2026-03-26 5/250 2026-03-28 14:24 by 唐沐儿
[考研] 0703化学求调剂 +9 奶油草莓. 2026-03-22 10/500 2026-03-28 13:30 by 唐沐儿
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 材料与化工考研调剂 +17 孅華 2026-03-22 17/850 2026-03-28 08:35 by WYUMater
[考研] 340求调剂 +5 jhx777 2026-03-27 5/250 2026-03-28 04:18 by fmesaito
[考研] 266求调剂 +11 阳阳哇塞 2026-03-27 12/600 2026-03-27 17:56 by yu221
[考研] 材料与化工085600，总分304，本科有两篇sci参与，求调剂 +10 幸运的酱酱 2026-03-22 12/600 2026-03-27 16:08 by muchong357
[考研] 调剂推荐 +5 清酒714 2026-03-26 6/300 2026-03-27 11:12 by 不吃魚的貓
[考研] 求调剂323材料与化工 +7 1124361 2026-03-24 7/350 2026-03-27 10:22 by wangjy2002
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-03-26 4/200 2026-03-27 08:04 by chemisry
[考研] 329求调剂 +7 钮恩雪 2026-03-25 7/350 2026-03-27 04:28 by wxiongid
[考研] 调剂求收留 +7 果然有我 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:26 by wxiongid
[考研] 07化学303求调剂 +5 睿08 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:46 by 418490947
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭