2楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-12 02:35:11
首先要定义好带正电荷N的原子类型，然后改formal charge为+1，再用相关charge模型计算电荷分布。
比如在sybyl里面，季铵的N的原子类型应为N4, 然后加formal charge=+1， 接着计算电荷分布就可以了。

3楼: Originally posted by 风吹雪下 at 2013-04-13 11:08:38
具体采用的是哪个模块呢，我的体系可能比较大，我的操作时这样的：前面建立分子的时候是+1价，采用的是forcite模块优化的 立场选用的是COPASS  但是他默认的charge选的是forcitefield assigned   我选的是current  ...

4楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-20 01:37:15
我说的原子类型和手动改formal charge跟你后面算电势分布的力场或者方法都没有关系。首先你得确保原子类型和电荷数的正确。
比如sybyl里面，你可以查看total charge,确保整个分子是+1价，不是的话可能是季铵的N有 ...

4楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-20 01:37:15
我说的原子类型和手动改formal charge跟你后面算电势分布的力场或者方法都没有关系。首先你得确保原子类型和电荷数的正确。
比如sybyl里面，你可以查看total charge,确保整个分子是+1价，不是的话可能是季铵的N有 ...

5楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-20 11:01:02
想问您一下，模型建立好的时候就必须赋予电荷和给每个原子分配力场吗，必须我用分子动力学模拟蒙脱石，但是我一直不知道我的电荷参数和LJ参数怎么去用，纠结2月了，求姐姐给予我一点指导

参数.png
...

6楼: Originally posted by 风吹雪下 at 2013-04-22 20:23:45
哦  那按照你的方法后面直接用Forcite   几何优化就行了，在优化过程中分子的电荷分布不会发生变化吧？...

7楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-23 05:20:56
我想自己建的模型结构的话，只可能自己检查修改好原子类型，键类型和formal charge的正确性，然后每个原子上的电荷分布根据你自己用的力场，具体参数什么的就不一样了，这个就不是你赋予的了，是用力场方法算出来的 ...

9楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-23 08:40:13
请问formalcharge怎么得到，是实际的电荷还是原子的化合价？？？？必须我的si原子查文献 电荷是1.2000，这个数值是输入到charge一栏还是formolcharge一栏？？？？？...