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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 季铵盐的优化
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风吹雪下

金虫 (小有名气)

[求助] 季铵盐的优化

我采用的DMAEMA合成的季铵盐,那么各位指导一下，在建立了带一个N原子带一个正电荷的季铵盐分子以后，怎么优化才能保证电荷的正确分布，如果把季铵盐做成聚合物又怎么优化呢？
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1楼 2013-04-11 10:01:47
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-12 08:12:40
首先要定义好带正电荷N的原子类型，然后改formal charge为+1，再用相关charge模型计算电荷分布。
比如在sybyl里面，季铵的N的原子类型应为N4, 然后加formal charge=+1， 接着计算电荷分布就可以了。
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2楼2013-04-12 02:35:11
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风吹雪下

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-12 02:35:11
首先要定义好带正电荷N的原子类型，然后改formal charge为+1，再用相关charge模型计算电荷分布。
比如在sybyl里面，季铵的N的原子类型应为N4, 然后加formal charge=+1， 接着计算电荷分布就可以了。

具体采用的是哪个模块呢，我的体系可能比较大，我的操作时这样的：前面建立分子的时候是+1价，采用的是forcite模块优化的 立场选用的是COPASS  但是他默认的charge选的是forcitefield assigned   我选的是current  不知道对不对？你说的电荷模型我不太懂。。新手哇
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3楼2013-04-13 11:08:38
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 风吹雪下 at 2013-04-13 11:08:38
具体采用的是哪个模块呢，我的体系可能比较大，我的操作时这样的：前面建立分子的时候是+1价，采用的是forcite模块优化的 立场选用的是COPASS  但是他默认的charge选的是forcitefield assigned   我选的是current  ...

我说的原子类型和手动改formal charge跟你后面算电势分布的力场或者方法都没有关系。首先你得确保原子类型和电荷数的正确。
比如sybyl里面，你可以查看total charge,确保整个分子是+1价，不是的话可能是季铵的N有问题，查看一下原子类型，看对不对，不对改过来，再把N的formal charge改成+1。
至于之后你用什么力场算电势，都无所谓了，看你自己有没有需要跟别的软件对应上，没特殊要求的话默认都无所谓了。
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4楼2013-04-20 01:37:15
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风雨无情8581

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-20 01:37:15
我说的原子类型和手动改formal charge跟你后面算电势分布的力场或者方法都没有关系。首先你得确保原子类型和电荷数的正确。
比如sybyl里面，你可以查看total charge,确保整个分子是+1价，不是的话可能是季铵的N有 ...

想问您一下，模型建立好的时候就必须赋予电荷和给每个原子分配力场吗，必须我用分子动力学模拟蒙脱石，但是我一直不知道我的电荷参数和LJ参数怎么去用，纠结2月了，求姐姐给予我一点指导

参数.png
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5楼2013-04-20 11:01:02
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风吹雪下

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-20 01:37:15
我说的原子类型和手动改formal charge跟你后面算电势分布的力场或者方法都没有关系。首先你得确保原子类型和电荷数的正确。
比如sybyl里面，你可以查看total charge,确保整个分子是+1价，不是的话可能是季铵的N有 ...

哦  那按照你的方法后面直接用Forcite   几何优化就行了，在优化过程中分子的电荷分布不会发生变化吧？
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6楼2013-04-22 20:23:45
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-20 11:01:02
想问您一下，模型建立好的时候就必须赋予电荷和给每个原子分配力场吗，必须我用分子动力学模拟蒙脱石，但是我一直不知道我的电荷参数和LJ参数怎么去用，纠结2月了，求姐姐给予我一点指导

参数.png
...

我想自己建的模型结构的话，只可能自己检查修改好原子类型，键类型和formal charge的正确性，然后每个原子上的电荷分布根据你自己用的力场，具体参数什么的就不一样了，这个就不是你赋予的了，是用力场方法算出来的。当然如果你这里不知道文献用的方法，但是想用文献中一模一样的电荷分布，就自己在相应的计算输入文件里改。比如AMBER的话就是修改mol2文件，然后生成.lib和frcmod文件，就可以用自己定义的电荷参数了。
对于完全量子模拟的软件，我就不太清楚具体的修改操作了。希望有帮助。
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7楼2013-04-23 05:20:56
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 风吹雪下 at 2013-04-22 20:23:45
哦  那按照你的方法后面直接用Forcite   几何优化就行了，在优化过程中分子的电荷分布不会发生变化吧？...

是的。
需要提醒一下如果楼主后续做分子动力学模拟的话，MS或者DS或者SYBYL里面的电荷计算都是不够精细的，虽然很快，但是很粗糙，我觉得顶多用来做对接。
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8楼2013-04-23 05:24:38
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风雨无情8581

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by winterose_ at 2013-04-23 05:20:56
我想自己建的模型结构的话，只可能自己检查修改好原子类型，键类型和formal charge的正确性，然后每个原子上的电荷分布根据你自己用的力场，具体参数什么的就不一样了，这个就不是你赋予的了，是用力场方法算出来的 ...

请问formalcharge怎么得到，是实际的电荷还是原子的化合价？？？？必须我的si原子查文献 电荷是1.2000，这个数值是输入到charge一栏还是formolcharge一栏？？？？？
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9楼2013-04-23 08:40:13
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-23 08:40:13
请问formalcharge怎么得到，是实际的电荷还是原子的化合价？？？？必须我的si原子查文献 电荷是1.2000，这个数值是输入到charge一栏还是formolcharge一栏？？？？？...

charge,这个是电荷分布值。formal charge只可能是整数。
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10楼2013-04-24 02:51:57
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