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amber的tleap出错
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有一个小配体是GLP，tleap之后，出错啦。。 Done adding ions. > savepdb MODEL model.pdb Writing pdb file: model.pdb Converting N-terminal residue name to PDB format: NGLY -> GLY Converting C-terminal residue name to PDB format: CGLU -> GLU > saveamberparm MODEL model.prmtop model.inpcrd Checking Unit. WARNING: There is a bond of 3.201702 angstroms between: ------- .R WARNING: There is a bond of 4.241588 angstroms between: ------- .R FATAL: Atom .R FATAL: Atom .R does not have a type. |
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 amber |
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yaozhq
金虫 (小有名气)
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4楼2013-04-10 10:04:40
2楼2013-04-10 07:23:08
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
mojie1987: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 那个帖子很好哈。。。已经解决啦。。谢谢啦。。。 2013-04-10 19:27:07
感谢参与，应助指数 +1
mojie1987: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 那个帖子很好哈。。。已经解决啦。。谢谢啦。。。 2013-04-10 19:27:07
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你这个用tleap处理的蛋白里面有amber力场不识别的原子类型。可以参看amber的手册进行操作。 http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/ 另外，如果用amber自带的量化计算模块不能给出正确的计算结果，可以结合使用gaussian。论坛里面有amber+gaussian构建小分子力场的方法，可以参看一下。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985 |
3楼2013-04-10 08:13:21
5楼2013-04-10 11:15:44
