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汕头大学海洋科学接受调剂
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mojie1987

铜虫 (小有名气)

[求助] amber的tleap出错

有一个小配体是GLP，tleap之后，出错啦。。

Done adding ions.
> savepdb MODEL model.pdb
Writing pdb file: model.pdb
Converting N-terminal residue name to PDB format: NGLY -> GLY
Converting C-terminal residue name to PDB format: CGLU -> GLU
> saveamberparm MODEL model.prmtop model.inpcrd
Checking Unit.
WARNING: There is a bond of 3.201702 angstroms between:
-------  .R.A and .R.A
WARNING: There is a bond of 4.241588 angstroms between:
-------  .R.A and .R.A
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A

does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
Failed to generate parameters
Parameter file was not saved.
> quit
        Quit
在tleap之前，蛋白质大分子已经除氢了。。。那这个该肿么解决呢？

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1楼 2013-04-09 21:06:19
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
mojie1987: 金币+1, ★有帮助 2013-04-10 19:26:25
GLP609中的几个原子没有力场参数
搜一下以前的关于做力场参数的帖子吧，
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2楼2013-04-10 07:23:08
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mojie1987: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 那个帖子很好哈。。。已经解决啦。。谢谢啦。。。 2013-04-10 19:27:07
你这个用tleap处理的蛋白里面有amber力场不识别的原子类型。可以参看amber的手册进行操作。
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/
另外，如果用amber自带的量化计算模块不能给出正确的计算结果，可以结合使用gaussian。论坛里面有amber+gaussian构建小分子力场的方法，可以参看一下。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985
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努力的生活着
3楼2013-04-10 08:13:21
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
mojie1987: 金币+1, ★有帮助 2013-04-10 19:27:32
楼上说的很明白了 你没有给GLP设定力场参数 需要你用antechamebr或者gaussian来处理一下
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4楼2013-04-10 10:04:40
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jiangdafa

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
antechamber处理未定义的residue，如果分配resp电荷就gaussian生成out文件导入antechamber，如果是用bcc，就之接用pdb的结构文件，希望可以帮到你
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2013-04-10 11:15:44
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mojie1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiangdafa at 2013-04-10 11:15:44
antechamber处理未定义的residue，如果分配resp电荷就gaussian生成out文件导入antechamber，如果是用bcc，就之接用pdb的结构文件，希望可以帮到你

金币木有啦。。。不过很感谢哈！~~~
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6楼2013-04-10 19:28:06
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