| 查看: 3208 | 回复: 5 | |||
[求助]
amber的tleap出错
|
|
有一个小配体是GLP，tleap之后，出错啦。。 Done adding ions. > savepdb MODEL model.pdb Writing pdb file: model.pdb Converting N-terminal residue name to PDB format: NGLY -> GLY Converting C-terminal residue name to PDB format: CGLU -> GLU > saveamberparm MODEL model.prmtop model.inpcrd Checking Unit. WARNING: There is a bond of 3.201702 angstroms between: ------- .R WARNING: There is a bond of 4.241588 angstroms between: ------- .R FATAL: Atom .R FATAL: Atom .R does not have a type. |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 amber |
» 猜你喜欢
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性
已经有6人回复
-
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车
已经有9人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有13人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有8人回复
-
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗
已经有4人回复
-
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有10人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- AMBER MMPBSA 计算时建立prmtop文件问题
已经有6人回复
- AMBER的amberpdb命令出错问题
已经有4人回复
- AMBER11+AmberTool1.5安装出错（ 显卡型号GTX680）
已经有6人回复
- 【求助】amber出错
已经有3人回复
2楼2013-04-10 07:23:08
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 8272.5
- 散金: 58
- 红花: 4
- 帖子: 368
- 在线: 254.3小时
- 虫号: 1089510
- 注册: 2010-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mojie1987: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 那个帖子很好哈。。。已经解决啦。。谢谢啦。。。 2013-04-10 19:27:07
感谢参与，应助指数 +1
mojie1987: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 那个帖子很好哈。。。已经解决啦。。谢谢啦。。。 2013-04-10 19:27:07
|
你这个用tleap处理的蛋白里面有amber力场不识别的原子类型。可以参看amber的手册进行操作。 http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/ 另外，如果用amber自带的量化计算模块不能给出正确的计算结果，可以结合使用gaussian。论坛里面有amber+gaussian构建小分子力场的方法，可以参看一下。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985 |
3楼2013-04-10 08:13:21
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2013-04-10 10:04:40
5楼2013-04-10 11:15:44
6楼2013-04-10 19:28:06