| 查看: 991 | 回复: 4 | |||||
| 当前主题已经存档。 | |||||
[资源]
结构解析中水分子加氢方法-与大家共同讨论
|
|||||
|
1. 在晶体学数据比较好的情况下，水分子的H原子可以通过Q峰上找出，通常需要考虑的因素有： 1）H-O-H的键长和键角，键长应在0.7到1之间，键角在100度左右； 2）检查水分子的H原子形成的氢键的方向。 2. 当晶体学数据不理想时，在主体骨架都确定之后把残余峰的数量改为50，甚至更大（PLAN 100）,然后在O原子的周围的残余峰中仔细辨认，把位置合适的残余峰定为H。如果氢原子位置在经修过程发生改变，我们可以通过指令将其固定。 在精修以前打ins文件，找到先前确定的H原子： H1 x1 y1 z1 11.0000 0.0x H2 x2 y2 z2 11.0000 0.0x 在数据前面加入 AFIX 3的指令，同时把H的温度因子固定为父原子的1.2倍，就可以把要进行精修的H固定。改为如下： AFIX 3 H1 x1 y1 z1 11.0000 -1.2000 H2 x2 y2 z2 11.0000 -1.2000 这样就基本上可以得到较好的水分子的H原子了。 大家还可以通过WinGX程序包中的CACL-OH来计算水上的H原子。 如果实在找不到氢原子，也不必强求，因为主体结构可到了准确地确定和精修，氢原子是没有什么影响的，在结构解析部分交代清楚即可。有好多相关的文献都有过这样的做法。 抛砖引玉，请大家共同讨论！ |
回复此楼» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 单晶解析 | 晶体解析的方法和疑问 |
» 猜你喜欢
求助MIL-125(Ti)的CIF 文件
已经有1人回复
-
美国 Tufts University, Yu Zhang课题组博士后招聘（金属有机/无机合成及催化）
已经有10人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有198人回复
-
中原工学院邵志超副教授课题组招收调剂生2名
已经有0人回复
-
我校 有两个085601 材料工程调剂名额
已经有0人回复
-
求博导推荐和带走
已经有1人回复
-
求助下载两个cif文件，ccdc：2193452，2307399
已经有0人回复
-
深圳信息职业技术学院2024年外籍教师招聘公告
已经有0人回复
-
20金币求助CIF文件
已经有0人回复
-
请教，Diamond能不能测任意两个化学键的夹角？
已经有1人回复
-
50金币帮忙下载间苯二甲酸分子的晶体cif文件和CCDC号
已经有1人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
2楼2007-10-02 12:39:57
3楼2007-10-02 16:47:26
4楼2007-10-03 11:24:36
15