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nwuchem

木虫 (正式写手)

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[资源] 结构解析中水分子加氢方法-与大家共同讨论

1. 在晶体学数据比较好的情况下，水分子的H原子可以通过Q峰上找出，通常需要考虑的因素有：

1）H-O-H的键长和键角，键长应在0.7到1之间，键角在100度左右；
2）检查水分子的H原子形成的氢键的方向。

2. 当晶体学数据不理想时，在主体骨架都确定之后把残余峰的数量改为50，甚至更大（PLAN 100）,然后在O原子的周围的残余峰中仔细辨认，把位置合适的残余峰定为H。如果氢原子位置在经修过程发生改变，我们可以通过指令将其固定。
在精修以前打ins文件，找到先前确定的H原子：

H1 x1 y1 z1 11.0000 0.0x
H2 x2 y2 z2 11.0000 0.0x

在数据前面加入 AFIX 3的指令，同时把H的温度因子固定为父原子的1.2倍，就可以把要进行精修的H固定。改为如下：

AFIX 3　
H1 x1 y1 z1 11.0000　-1.2000
H2 x2 y2 z2 11.0000　-1.2000

这样就基本上可以得到较好的水分子的H原子了。

大家还可以通过WinGX程序包中的CACL-OH来计算水上的H原子。

如果实在找不到氢原子，也不必强求，因为主体结构可到了准确地确定和精修，氢原子是没有什么影响的，在结构解析部分交代清楚即可。有好多相关的文献都有过这样的做法。

抛砖引玉，请大家共同讨论！

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